Enferm Infecc Microbiol Clin. 2019;37(3):167–171 www.elsevier.es/eimc Original article Airway microbiota in patients with paediatric cystic fibrosis: Relationship with clinical status Antonia Sánchez-Bautista a , Juan Carlos Rodríguez-Díaz a,∗ , Inmaculada Garcia-Heredia a , Carmen Luna-Paredes b , Pedro J. Alcalá-Minagorre c a Department of Microbiology, Hospital General Universitario de Alicante, Instituto de Investigación Sanitaria y Biomédica de Alicante (ISABIAL), Alicante, Spain b Pediatric Cystic Fibrosis Unit, Department of Pediatrics, Hospital Universitario Doce de Octubre, Madrid, Spain c Department of Pediatrics, Hospital General Universitario de Alicante, Instituto de Investigación Sanitaria y Biomédica de Alicante (ISABIAL), Alicante, Spain a r t i c l e i n f o Article history: Received 23 February 2018 Accepted 2 May 2018 Available online 4 July 2018 Keywords: Cystic fibrosis Lung microbiome Paediatric patients Lung disease a b s t r a c t Introduction: New massive sequencing techniques make it possible to determine the composition of air- way microbiota in patients with cystic fibrosis (CF). However, the relationship between the composition of lung microbiome and the clinical status of paediatric patients is still not fully understood. Material and methods: A cross-sectional observational study was conducted on induced sputum samples from children with CF and known mutation in the CFTR gene. The bacterial sequences of the 16SrRNA gene were analyzed and their association with various clinical variables studied. Results: Analysis of the 13 samples obtained showed a core microbiome made up of Staphylococcus spp., Streptococcus spp., Rothia spp., Gemella spp. and Granulicatella spp., with a small number of Pseudomonas spp. The cluster of patients with less biodiversity were found to exhibit a greater number of sequences of Staphylococcus spp., mainly Staphylococcus aureus (p 0.009) and a greater degree of lung damage. Conclusion: An airway microbiome with greater biodiversity may be an indicator of less pronounced dis- ease progression, in which case new therapeutic interventions that prevent reduction in non-pathogenic species of the airway microbiota should be studied. © 2018 Elsevier Espa ˜ na, S.L.U. and Sociedad Espa ˜ nola de Enfermedades Infecciosas y Microbiolog´ ıa Cl´ ınica. All rights reserved. Microbiota respiratoria en pacientes pediátricos con fibrosis quística: relación con la situación clínica Palabras clave: Fibrosis quística Pulmón Edad pediátrica Enfermedad pulmonar r e s u m e n Introducción: Las nuevas técnicas de secuenciación masiva permiten determinar la composición de la microbiota de las vías respiratorias en pacientes con fibrosis quística (FQ). Sin embargo, la relación entre la composición de la microbiota pulmonar y el estado clínico de los pacientes pediátricos todavía no se ha establecido bien. Material y métodos: Se realizó un estudio transversal observacional en muestras de esputo inducido de ni˜ nos con FQ y mutación conocida en el gen CFTR. Se analizaron las secuencias bacterianas del gen 16SrRNA y se estudió su asociación con diversas variables clínicas. Resultados: El análisis de las 13 muestras obtenidas mostró un microbioma central compuesto por Staphy- lococcus spp., Streptococcus spp., Rothia spp., Gemella spp. y Granulicatella spp., con un peque ˜ no número de Pseudomonas spp. Se descubrió que el grupo de pacientes con menos biodiversidad mostraba un mayor número de secuencias de Staphylococcus spp., principalmente Staphylococcus aureus (p 0,009) y un mayor da˜ no de la función pulmonar. ∗ Corresponding author. E-mail address: rodriguez juadia@gva.es (J.C. Rodríguez-Díaz). https://doi.org/10.1016/j.eimc.2018.05.010 0213-005X/© 2018 Elsevier Espa ˜ na, S.L.U. and Sociedad Espa ˜ nola de Enfermedades Infecciosas y Microbiolog´ ıa Cl´ ınica. All rights reserved. 2529-993X