New Physics: Sae Mulli, Vol. 69, No. 9, September 2019, pp. 984∼988 http://dx.doi.org/10.3938/NPSM.69.984 A Study on Imatinib Binding to c-Src Tyrosine Kinase According to Sequential Conformational Change Suhyun Park Department of Physics, Pukyong National University, Busan 48513, Korea Sangwook Wu * Department of Physics, Pukyong National University, Busan 48513, Korea PharmCADD, Busan 48059, Korea (Received 13 August 2019 : accepted 26 August 2019) c-Src tyrosine kinase plays a key role in cell diferentiation and growth. Imatinib (Gleevec ® ) is an efective inhibitor for suppressing the activity of Abl-tyrosine kinase. c-Src tyrosine kinase has a 47 percent similarity to Abl tyrosine kinase in the amino acid sequence. We investigate the binding of imatinib to c-Src tyrosine kinase by using MD simulation and molecular docking. In particular, we use a targeted MD simulation to generate several conformational structures in the process of the conformational change of c-Src tyrosine kinase from an inactive state to an active state. The results establish that most stable conformation of c-Src tyrosine kinase to imatinib, from among the various conformations, has the highest binding afnity. PACS numbers: 87.15.He, 87.14.Ee Keywords: Allosteric protein, MD simulation, Docking c-Src 티로신 키나아제의 순차적인 구조 변화와 이마티닙 결합에 대한 연구 박수현 부경대학교 물리힉과, 부산, 48513, 대한민국 우상욱 * 부경대학교 물리힉과, 부산 48513, 대한민국 팜캐드, 부산 48059, 대한민국 (2019년 8월 13일 받음, 2019년 8월 26일 게재 확정) c-Src 티로신 키나아제 (Tyrosine Kinase) 는 세포 분화와 성장에 관여하는 단백질이다. 이마티닙 (Imatinib) 또는 상품명 글리벡 (Gleevec ® ) 은 Abl 티로신 키나아제의 활성 억제에 매우 효과적으로 작용 하는 약물이다. Abl 티로신 키나아제와 c-Src 티로신 키나아제는 아미노산 서열의 유사성이 47 퍼센트에 달한다. 우리는 분자 동역학 시뮬레이션과 분자 도킹 기술을 이용하여,c-Src 티로신 키나아제와 이마티닙의 결합에 대한 연구를 하였다. 타겟 분자 동역학 시뮬레이션을 통해, c-Src 티로신 키나아제의 비활성상태 에서 활성 상태로의 구조 변화 과정을 분자 동역학 시뮬레이션을 이용하여 생성하였다. 이마티닙은 c-Src 티로신 키나아제 구조에 따라, 서로 다른 영역에 결합 하는 것으로 나타난다. 이를 통해, 여러 형태의 구조 중에서, 이마티닙이 가장 안정적으로 결합하는 c-Src 티로신 키나아제 구조가 존재하는 것으로 추정된다. This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited.