Macedonian Journal of Animal Science, Vol. 2, No. 1, pp. 17–21 (2012) 071 In print ISSN 1857 – 6907 Received: June 14, 2009 On line ISSN 1857 – 7709 Accepted: November 17, 2009 UDC: 636.39.082 : 575.22(496.5) Original scientific paper POLYMORPHISaM OF MICROSATELLITE LOCI IN MHC COMPLEX FOR AN ALBANIAN GOAT BREED Anila Hoda, Lumturi Papa, Ylli Biçoku Department of Animal Production, Agricultural University of Tirana (AUT), Albania hodanila@yahoo.com The Мajor Histocompatibility Complex (MHC) plays a key role in immune response. Our study aimed at the polymorphism analysis in two microsatellite loci in the class I and II of the MHC complex for a local goat breed in Albania. The domestic goat is one of the most important livestock species in the mountainous area of Albania. Goat breeds are defined mainly by the geographic position, morphological characteristics and production performance. They are well adapted to harsh climate, diseases, poor nutrition, and extensive farming conditions. The study was car- ried out in 60 unrelated individuals from different villages of North Albania. Both markers were highly polymorphic. The analysis revealed a great number of alleles, 11 and 37 per class I and II, respectively. The level of heterozygosity was very high such as 86% for class I and 71% for class II. The high level of polymorphism and heterozygosity is ex- plained by the fact that the molecules encoded by the MHC complex take part in the immune response, as well as with the overdominant selection which acts on the antigen recognition site. PIC values were higher than 0.5. These indicated that both loci can be used as genetic markers. Key words: MHC complex; microsatellite marker; goat; polymorphism; selection ПОЛИМОРФИЗАМ НА МИКРОСАТЕЛИТСКИТЕ ЛОКУСИ ВО КОМПЛЕКСОТ МHC КАЈ АЛБАНСКАТА РАСА КОЗИ Големиот хистокомпатибилен комплекс (Мajor Histocompatibility Complex – MHC) има клучна улога во имуниот одговор. Целта на нашата студија беше анализа на полиморфизмот во два микросателитски локуса во класите 1 и 2 на MHC за локалната раса кози во Албанија. Домашната коза е еден од најважните видови домашни животни во планинските региони на Албанија. Расите на кози се дефинирани главно според гео- графската локација, морфолошките карактеристики и продуктивните својства. Тие се добро адаптирани на ос- тра клима, болести, сиромашна исхрана и екстензивни фармски услови. Студијата беше спроведена на 60 ин- дивидуи кои не се во меѓусебно сродство, а се од различни села во северна Албанија. Обата маркера беа висо- ко полиморфни. Анализата откри голем број алели, 11 и 37 за класите 1 и 2 соодветно. Нивото на хетерози- готност беше многу високо: 86% за класaта 1 и 71% за класaта 2. Високото ниво на полиморфизам и хетеро- зиготност се објаснува со фактот дека молекулите кодирани од страна na MHC имаат улога во имуниот одго- вор, како и со предоминантната селекција која дејствува за препознавање на антигените. Вредностите PIС беа повисоки од 0.5. Ова укажува на фактот дека обата локуса можат да се користат како генетски маркери. Клучни зборови: комплекс МНС; микросателитски маркер; коза; полиморфизам; селекција INTRODUCTION The domestic goat is one of the most impor- tant livestock species in the mountainous area of Albania. Goat breeds are defined mainly by the geographic location, morphological characteristics and production performance. The Major Histocompatibility Complex (MHC) plays an important role in the immune response. The loci located in the MHC region are character- ized by a high allelic diversity and the high level of polymorphism is the result of balancing selec- tion. Polymorphic DNA markers are very useful in assessment of genetic diversity within and between breeds. Microsatellites are widely used as genetic markers for the analysis of genetic variability within and between breeds due to their high num- ber, distribution throughout the genome and the efficacy of genotyping. There are several studies regarding the diversity of microsatellite loci in the