ISBN: 987-602-72245-6-8 Prosiding Biologi Achieving the Sustainable Development Goals with Biodiversity in Confronting Climate Change Gowa, 08 November 2021 http://journal.uin-alauddin.ac.id/index.php/psb Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Teknologi, UIN Alauddin Makassar 168 Studi In Silico DNA barcoding pada bunga soka (Ixora) ALIFAH NUR ANZANI 1 , IRFAN MARTIANSYAH 2 , NIA YULIANI 3 1 Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Nusa Bangsa Jl. KH Sholeh Iskandar KM. 4 Bogor, Indonesia. 16166 Email: alifahanzani36@gmail.com 2 Pusat Penelitian Konservasi Tumbuhan dan Kebun Raya-LIPI Jl. Ir. H. Juanda No.13 Bogor, Indonesia. 16122 Email: imartiansyah6311@gmail.com 3 Program Studi Biologi, Fakultas MIPA, Universitas Nusa Bangsa Jl. KH Sholeh Iskandar KM. 4 Bogor, Indonesia. 16166 Email: niayuliani0412@gmail.com ABSTRACT Ixora is a genus of plants in the Rubiaceae family. It has more than 500 species and is distributed in tropical areas of Asia and Africa, especially in Southeast Asia. Ixora, a named Soka flower in Indonesia, is well-known as an ornamental plant. It has beautiful flowers shape and variations of colors. DNA barcoding research on Ixora plants has not been widely carried out. Therefore an initial study is needed that aims to analyze the Ixora kinship using rbcL, trnL, and matK gene sequences. An in silico study of DNA barcoding of Ixora utilizes Genbank (NCBI). DNA sequences were collected from the NCBI database by searching for the species name and the genes used. The data were analyzed using CLUSTAL W to determine the level of homology between sequences through sequence alignment, sequence identification, and phylogenetic tree reconstruction using MEGA X. The results of the in silico study showed that alignment using the trnL, matK, and rbcL genes was relatively similar at the same level of homology. However, the rbcL gene provides an informative description of the topology of the molecular kinship tree of Ixora at the species level compared to the trnL and matK. In addition, the rbcL gene is known to show specific characters of Ixora. So, rbcL can be used as a potential barcode to identify Ixora species through a molecular approach at the Bogor Botanical Gardens. Keywords: DNA barcoding; in silico; Ixora INTISARI Ixora merupakan genus tumbuhan dari famili Rubiaceae yang memiliki lebih dari 500 spesies. Genus ini, tersebar di area tropis Asia dan Afrika dengan keragaman terbesar tersebar di Asia Tenggara. Di Indonesia, Ixora dinamakan juga bunga Soka dan populer sebagai tanaman hias. Bunga Soka memiliki bentuk yang menarik dan warna bunga yang bervariasi. Penelitian DNA barcoding mengenai tumbuhan Ixora belum banyak dilakukan, oleh karena itu diperlukan studi awal yang bertujuan menganalisis kekerabatan Ixora dengan menggunakan sekuen gen rbcL,trnL, dan matK berbasis in silico. Metode yang dilakukan dalam DNA barcoding bunga Soka Ixora adalah dengan studi in silico menggunakan Genbank (NCBI). Sekuen DNA dikoleksi dari basis data NCBI dengan mencari nama spesies dan gen yang digunakan yaitu matK, rbcL, dan trnL. Selanjutnya data dianalisis menggunakan CLUSTAL W untuk menentukan tingkat homologi antar sekuen melalui penjajaran sekuen, identifikasi sekuen yang berpotensi sebagai barcode, dan rekosntruksi pohon filogenetik menggunakan MEGA X. Hasil studi in silico menunjukkan bahwa penjajaran dengan menggunakan lokus trnL, matK dan rbcL memiliki tingkat homologi yang relatif tinggi. Akan tetapi, gen rbcL memberikan gambaran yang informatif mengenai topologi pohon kekerabatan molekuler dari Ixora pada tingkat spesies dibandingkan dengan gen trnL dan gen matK. Selain itu, gen rbcL diketahui dapat memperlihatkan karakter spesifik dari Ixora sehingga diduga dapat dijadikan sebagai barcode untuk mengidentifikasi spesies-spesies Ixora di Kebun Raya Bogor melalui pendekatan molekuler. Kata kunci: DNA barcoding; in silico; Ixora PENDAHULUAN Ixora merupakan salah satu genus tumbuhan dari famili Rubiaceae yang memiliki lebih dari 500 spesies (Mouly et al., 2009). Genus ini, tersebar di area tropis Asia dan Afrika dengan keragaman terbesar tersebar di Asia Tenggara (Tosh et al., 2013). Tumbuhan yang termasuk ke dalam genus Ixora umumnya