Jurnal Biologi, Volume 2 No 2, April 2013 Hal. 45-56 PELACAKAN FRAGMEN GEN PENYANDI ENZI M ß-KETOASI L-ACP SI NTASE I I ( KAS I I ) DARI MESOKARP KELAPA SAWI T ( ELAEI S GUI NEENSI S JACQ. L.) Yohanes Chandrawijaya 1 , Teuku Tajuddin 2 , Hermin Pancasakti K 1 , Anto Budiharjo 1 1. Jurusan Biologi, Fakultas Sains dan Matematika, Universitas Diponegoro, Semarang. Telepon (024) 7474754; Fax (024) 76480690 2. Laboratorium Teknologi Gen, Balai Pengkajian dan Penerapan Teknologi (BPPT) Puspitek Serpong, Tangerang. Telepon (021) 7563120; Fax (021) 7560208 Email : yohanezchandra@yahoo.com Abstract The standard of quality is one of the determining values of crude palm oil as an international trade commodity. Better standard of quality for crude palm oil is a constant demand of the market. Quality improvement can be made by increasing the contents of oleic acid in the mesocarp of E. guinensis. Among the uses of oleic acid are as follows: anti- carcinogenic agent, anti-oxidant, source of pro-vitamin A, and source of Vitamin E. Oleic acid is a form of non-saturated fatty acid encoded by KAS II genes. The expression profiling of KAS II is achieved through isolation of total RNA by Trizol reagent, RNA purification, using DNAse RNAse free , synthesis of cDNA using Reverse Transcriptation PCR approach, and amplification of KAS II genes with Nested PCR approach. The amplification process of KAS II genes is carried out using both internal and external primers. The first step of the external primer PCR is F-KAS-1 and R-KAS-1. Internal primer of PCR in the second step is F-KAS-2 and R-KAS-2 . The results of this research are fragments of KAS II genes between 1500–2000 bp. These amplicons are suitable with primers designed at the approximation of 1796 bp. Selection of three amplicons at the annealing temperatures of 54 o C, 55.9 o C, and 58 o C shows good DNA band visualizations. Annealing at 58 o C shows the best result with high intensity DNA band and no smear. Further research is needed to determine the accuracy of the amplicons through sequencing step. Keywords: KAS II, Elaeis guineensis, annealing, Nested PCR, RT-PCR. Abstrak Standar mutu minyak sawit menjadi suatu daya saing ekonomi di pasar internasional. Permintaan minyak sawit dunia dengan standar kualitas yang lebih baikpun semakin meningkat. Upaya peningkatan mutu minyak sawit dilakukan dengan cara meningkatkan kadar asam oleat pada mesokarp E. guineensis. Ragam manfaat asam oleat antara lain: antikanker, antioksidan, provitamin A dan vitamin E. Asam oleat merupakan asam lemak tak jenuh yang disandi oleh gen KAS II. Penelitian ini bertujuan untuk melacak fragmen gen KAS II dari mesokarp E. guineensis. Pelacakan gen KAS II ditempuh dengan beberapa tahapan yaitu isolasi RNA total dengan Trizol reagent , purifikasi RNA dengan DNAse RNAse free, pembuatan cDNA melalui pendekatan Reverse Transcriptation PCR dan Amplifikasi gen KAS II melalui pendekatan Nested PCR Amplifikasi gen KAS II menggunakan dua primer yaitu eksternal dan internal. Primer eksternal pada PCR tahap pertama yaitu F-KAS-1 dan R-KAS- 1 . Primer internal pada PCR tahap kedua yaitu F-KAS- 2 dan R-KAS-2 . Hasil penelitian diperoleh fragmen gen KAS II pada kisaran 1500-2000 pb. Amplicon tersebut sesuai dengan