SCRS/00/136 GENETIC ANALYSES OF ATLANTIC NORTHERN BLUEFIN TUNA POPULATIONS B. Ely 1 , D. S. Stoner 1 , J. R. Alvarado Bremer 12 , E. J. Thelen 1 , W. J. Jones 1 , D. E. Black 1 , L. Smith 1 , K. Scott 1 , I. Naseri 1 and J. M. Quattro 1 SUMMARY In recent years, there has been considerable debate about whether the Atlantic northern bluefin tuna ( Thunnus thynnus ) exist as a panmictic unit. This question is addressed by examining both mitochondrial DNA control region nucleotide sequences and nuclear gene ldhA allele frequencies in replicate samples of northern bluefin tuna from the Mediterranean Sea and the northwestern Atlantic Ocean. Preliminary analyses of both the ldhA and the mtDNA data had provided tentative evidence for population subdivision of Atlantic northern bluefin tuna. However, with increased sample sizes, AMOVA analyses of both types of data revealed no significant differences between samples from the two regions. Similarly, pairwise comparisons of multiple year class samples from the two regions provided no evidence for population subdivision. These results demonstrate the importance of analyzing multiple year classes and large sample sizes in stock structure analyses. Also, it is important to note that failure to find genetic evidence for population substructure does not constitute evidence for a single panmictic population. Multiple subpopulations could exist, and genetic differentiation could be prevented by large population sizes and/or low levels of migration. RÉSUMÉ Ces dernières années, des débats prolongés ont porté sur la formation en unité panmictique du thon rouge (Thunnus thynnus) de l’Atlantique. Cette question est abordée en examinant les séquences nucléotides de la région de contrôle de l’ADN mitochondrial et les fréquences des allèles du gène nucléaire ldhA dans des échantillons répliqués de thon rouge du nord en provenance de la Méditerranée et de l’Atlantique nord-ouest. L’analyse préliminaire des données sur le ldhA et sur l’ADNmt ont donné des preuves provisoires d’une sous-division de la population du thon rouge nord-atlantique. Toutefois, avec des échantillons plus importants. L’analyse AMOVA des deux types de données n’a pas révélé de différence significative entre les échantillons des deux régions. De même, la comparaison en paires d’échantillons de classes multiples des deux régions n’a pas avancé de preuves d’une sous-division de la population. Ces résultats démontrent l’importance d’analyser des classes d’âge multiples et d’avoir des échantillons importants pour l’analyse de la structure des stocks. Aussi, il est important de noter que le manque de preuves génétiques d’une sous- structure de la population ne constitue par la preuve de l’existence d’une population panmictique unique. Il pourrait y avoir de multiples sous-populations, dont la différentiation génétique serait évitée par le volume important de la population et/ou par le faible taux de migration. RESUMEN En los últimos años, se ha discutido mucho sobre si el atún rojo ( Thunnus thynnus ) del Atlántico norte existe como unidad panmítica. Esta cuestión se estudióo examinando la región de control de las secuencias nuecleótidas del ADN mitocondrial y las frecuencias de alelo de gen nuclear ldhA, en dobles muestras de atún rojo del norte procedente del Mediterráneo y del Atlántico noroeste. Los análisis preliminares de los datos de ldhA y de ADN mt han facilitado una evidencia provisional de que existe una subdivisión de la 1 FISHTEC Genetics Laboratory, Department of Biological Sciences, University of South Carolina, Columbia, SC 29208 E-mail Ely@sc,edu 2 Current address: Department of Marine Biology, Texas A&M University at Galveston, Galveston, TX 77551 Col. Vol. Sci. Pap. ICCAT, 52 (3) : 1145-1149 (2001)