Nguyên nhân của thực trạng nợ xấu ở Việt Nam I) Thứ nhất, do môi trường kinh doanh gặp nhiều khó khăn, tình hình kinh doanh và tài chính của các doanh nghiệp suy giảm. Kể từ cuối năm 2008 đến nay, nền kinh tế chịu tác động tiêu cực của cuộc khủng hoảng tài chính và suy thoái kinh tế toàn cầu, sau đó là vấn đề lạm phát cao. Hàng tồn kho nhiều dẫn đến đọng vốn trong sản xuất kinh doanh và làm tăng nợ xấu của các TCTD. Bên cạnh đó, rất nhiều doanh nghiệp hiện nay có năng lực tài chính yếu, chủ yếu dựa vào vốn vay ngân hàng, vốn chủ sở hữu nhỏ và khả năng ứng phó với sự thay đổi môi trường kinh doanh hạn chế. Vì vậy, khi môi trường kinh doanh xấu đi, chính sách kinh tế vĩ mô thắt chặt, lãi suất tăng, đồng thời tiêu thụ hàng hoá khó khăn đã ảnh hưởng lớn đến điều kiện tài chính, kết quả kinh doanh và khả năng trả nợ vay ngân hàng của doanh nghiệp.  Trên thực tế, việc các doanh nghiệp gặp khó khăn khi kinh tế biến động theo chiều hướng xấu, dư âm của khủng hoảng vẫn còn là điều đã được dự báo trước. Ngoài một số doanh nghiệp lớn vẫn duy trì được vị thế của mình và vẫn kinh doanh hiệu quả, cùng với các doanh nghiệp vẫn tìm ra đúng hướng đi trong hoàn cảnh khó khăn, nhiều doanh nghiệp khác do năng lực kém và không thích ứng được với hoàn cảnh đã lâm vào tình trạng không hoàn trả được nợ, điển hình như:  Vụ việc ở công ty Trường Ngân (tỉnh Bình Dương), nợ 600 tỷ đồng với 7 ngân hàng do kinh doanh thua lỗ.  Công ty thủy sản Bình An- Bianfishco (tỉnh Sóc Trăng) nợ 1800 tỉ đồng vào cuối năm 2012, chủ yếu là nợ tiền nguyên liệu đầu vào mua từ nông dân do tình hình kinh doanh sản xuất thua lỗ, không tìm được đầu ra.  Đặc biệt, khủng hoảng tài chính đã ảnh hưởng rất lớn tới lĩnh vực bất động sản, khiến khu vực này trở thành điểm nóng tập trung nợ xấu, với tổng giá trị chiếm tới 8% tổng nợ xấu, ước đạt 262.000 tỉ đồng. Điển hình có thể kể tới công ty TNHH Địa ốc Diệp Bạch Dương, với dư nợ tại chi nhánh Agribank Thành phố Hồ Chí Minh tính đến giữa năm ngoái là 3700 tỉ đồng (trong đó nợ gốc là 2967 tỉ đồng) II) Thứ hai, do năng lực quản trị rủi ro tại mỗi ngân hàng còn kém. Hiện nay, việc xếp hạng tín dụng nội bộ khách hàng của TCTD mang tính chất chủ quan. Các ngân hàng chưa xây dựng được thước đo lượng hóa rủi ro nên chưa tính toán chính xác được yếu tố này dẫn đến quyết định cho vay, phân loại nợ chưa chính xác. Những khoản rủi ro to được làm bé đi, khoản vay bé thì làm cho nó to lên. Bên cạnh đó, về phía các doanh nghiệp – đối tượng giải ngân vốn quan trọng của các TCTD, theo nghiên cứu hiện có đến 90% là doanh nghiệp vừa và nhỏ, không ít doanh nghiệp có báo cáo tài chính không chính xác, trong khi phần lớn các báo cáo tài chính này lại không được kiểm toán. Ngay cả đối với những doanh nghiệp lớn được kiểm toán thì sự chậm chễ trong việc công bố báo cáo cũng như chất lượng kiểm toán cũng gây không ít khó khăn cho ngân hàng.