DOI :10.3166/GEO.18.215-237 © 2008 Lavoisier, Paris
Revue Internationale de Géomatique. Volume 18 – n
o
2/2008, pages 215 à 237
Un rôle pour la science de l'information
géographique en écologie moléculaire: la
détection de régions du génome soumises à
la sélection naturelle
Stéphane Joost*
,
*** − Aurélie Bonin** − Pierre Taberlet** −
Régis Caloz***
1
*Institut de Zootechnique, Université Catholique du Sacré Coeur, Piacenza, Italie
Stephane.Joost@econogene.eu
** Laboratoire d’Ecologie Alpine, Université Joseph-Fourier, Grenoble, France
{Aurelie.Bonin, Pierre.Taberlet}@ujf-grenoble.fr
*** Laboratoire de Systèmes d’Information Géographique, Ecole Polytechnique
Fédérale de Lausanne, Suisse
Regis.Caloz@epfl.ch
1
et le Consortium ECONOGENE (http://www.econogene.eu)
RÉSUMÉ. Cet article présente une méthode d’analyse spatiale originale basée sur le concept
de coïncidence spatiale et sur le calcul simultané de nombreuses régressions logistiques dont
le rôle est de détecter des régions du génome soumises à la sélection naturelle. Son
application permet d’identifier les mêmes régions que celles mises en évidence par une
approche théorique en génomique des populations et, en outre, d’identifier les paramètres
environnementaux responsables de la sélection, ce qui était difficilement faisable jusqu’ici.
Cette recherche ouvre des perspectives d’applications pour la science de l’information
géographique en écologie moléculaire.
ABSTRACT. We introduce a new method to detect signatures of natural selection in the genome
based on the application of spatial analysis, with the contribution of Geographical
Information Systems, environmental variables, molecular data, and multiple univariate
logistic regressions. Its use allows the identification of the same genomic regions as revealed
by a theoretical approach in population genomics, but also the uncovering of environmental
parameters responsible for selection which was so far difficult. This research also opens up
avenues for GIScience research in molecular ecology.
MOTS-CLÉS : analyse spatiale, science de l’information géographique, écologie moléculaire,
génomique environnementale, sélection naturelle.
KEYWORDS: spatial analysis, GIScience, molecular ecology, landscape genomics, natural
selection.