Escapement, harvest, and unknown loss of radio- tagged adult salmonids in the Columbia River – Snake River hydrosystem Matthew L. Keefer, Christopher A. Peery, William R. Daigle, Michael A. Jepson, Steven R. Lee, Charles T. Boggs, Kenneth R. Tolotti, and Brian J. Burke Abstract: Accurate estimates of escapement by adult anadromous salmonids are difficult, especially in large, multistock river systems. We used radiotelemetry and a fishery reward program to calculate escapement, harvest, and unaccounted for loss rates for 10 498 adult chinook salmon (Oncorhynchus tshawytscha) and 5324 steelhead (Oncorhynchus mykiss) during six return years in the Columbia River basin. Mean annual escapements to spawning sites, hatcheries, or the upper bounds of the monitored hydrosystem were 73.4% (spring–summer chinook salmon), 61.3% (fall chinook salmon), and 62.6% (steelhead). Mean reported harvest rates were 8.7% (spring–summer chinook), 22.0% (fall chinook), and 15.1% (steelhead) within the mainstem hydrosystem and 5.9%, 3.4%, and 5.7%, respectively, in lower hydrosystem tributaries. On average, 12%–17% of each run had unknown fates in the mainstem hydrosystem. Escapement, harvest, and loss varied significantly between runs and years, within runs between known-origin subbasin stocks, and between interdam river reaches. Multiyear quantitative assessments like this can reduce uncertainty, clarify inter- and intra-annual variability, and help managers better evaluate fisheries, identify conservation priorities, and help protect evolutionarily significant populations. Résumé : Il est difficile d’estimer avec précision les échappements des salmonidés adultes, particulièrement dans les grands réseaux hydrographiques qui contiennent plusieurs stocks. Nous avons utilisé la radiotélémétrie et un pro- gramme de pêche avec récompenses pour calculer l’échappement, les captures et les taux de pertes inexpliquées pour 10 498 saumons quinnat adultes (Oncorhynchus tshawytscha) et 5324 truites arc-en-ciel anadromes (Oncorhynchus my- kiss) durant six années de montaison dans le bassin hydrographique du fleuve Columbia. Les échappements annuels moyens vers les sites de fraie, les piscicultures et les limites supérieures du système hydrographique sous surveillance sont de 73,4 % (saumons quinnat de printemps et d’été), 61,3 % (saumons quinnat d’automne) et 62,6 % (truites arc- en-ciel anadromes). Les taux moyens de captures signalées sont de 8,7 % (saumons quinnat de printemps et d’été), 22,0 % (saumons quinnat d’automne) et 15,1 % (truites arc-en-ciel anadromes) dans le cours principal et respective- ment de 5,9, 3,4 et 5,7 % dans les tributaires du cours inférieur. En moyenne, le sort de 12–17 % des poissons de chaque montaison reste inconnu dans le cours principal. L’échappement, la capture et la perte varient significativement d’une montaison à une autre et d’une année à l’autre; ils varient aussi au sein d’une même montaison parmi les stocks identifiés comme provenant de divers sous-bassins, de même que dans les divers tronçons de rivière entre les barrages. Des estimations comme les nôtres qui couvrent plusieurs années peuvent réduire l’incertitude, préciser la variation an- nuelle et inter-annuelle et aider les gestionnaires à mieux évaluer les pêches, fixer les objectifs prioritaires de conserva- tion et protéger les populations d’importance évolutive. [Traduit par la Rédaction] Keefer et al. 949 Introduction The Columbia River and its largest tributary, the Snake River, were historically among the most productive anadro- mous salmonid Oncorhynchus spp. river systems in the world (Chapman 1986; Nemeth and Kiefer 1999), with predevelopment annual runs estimated at between 10 and 16 million adult fish (Northwest Power Planning Council 1986). A combination of habitat loss, water diversion, hatch- ery propagation, excessive harvest, and development of the federal hydrosystem decimated many of the runs (National Research Council 1996; McClure et al. 2003). Numerous Can. J. Fish. Aquat. Sci. 62: 930–949 (2005) doi: 10.1139/F04-246 © 2005 NRC Canada 930 Received 22 June 2004. Accepted 13 December 2004. Published on the NRC Research Press Web site at http://cjfas.nrc.ca on 10 May 2005. J18191 M.L. Keefer, 1 C.A. Peery, W.R. Daigle, M.A. Jepson, S.R. Lee, C.T. Boggs, and K.R. Tolotti. Idaho Cooperative Fish and Wildlife Research Unit, Biological Resources Division, US Geological Survey, University of Idaho, Moscow, ID 83844-1141, USA. B.J. Burke. Fish Ecology Division, Northwest Fisheries Science Center, National Marine Fisheries Service, Seattle, WA 98112-2097, USA. 1 Corresponding author (e-mail: mkeefer@uidaho.edu).