" " tifiq Dossier sclen ue Les bact~ries ~ croissance lente ou difficile Article IDENTIFICATION PHI NOTYPIQU E DES BACTI:RIES APPARTENANT AU GENRE NOCARDIA ET MOLECULAIRE Veronica Rodriguez-Nava a, Frederic Laurent b, Andr~e Couble a, Patrick Boiron a,* R6sum6 Le nombre de patients atteints de nocardiose dans le monde est en constante augmentation. En raison de la nature et de la gravit~ de cette infection, I'identification rapide et precise des Nocardia est capitale. Les techniques conventionnelles de diagnostic (chimiotaxonomiques, biochimiques, physiologiques et morpho- Iogiques) ne permettent plus qu'une approche diagnostique pr~somptive. Des techniques mol6culaires d'identification des Nocardia sont actuellement propos~es aux laboratoires de micro- biologie pour d~tecter plus rapidement et identifier les diff~rentes esp~ces de Nocardia. Apr~s le d~veloppement de techniques d'hybridation mol~culaire, de ribotypage et de PCR-RFLP, les techniques de s~quen?age de I'ARNr 16S sont maintenant les plus utilis~es pour I'identification des Nocardia mais d~pendent de la soumission des s~quences dans les bases de donn~es accessibles au public. Les bases de donn6es RIDOM, MicroSeq et BIBI ont ~t6 d~velopp6es pour les genres Mycobacterium et Nocardia. Cette derni(~re base de don- n~es se pr~sente sous la forme d'un outil ergonomique puissant d'aide ~ I'analyee des r~sultats et ~ la prise de d~cision pour I'iden- tification bact~rienne. Cette base de donn~es est & la disposition de la communaut~ scientifique internationale sur le Web (http://pbil.univ-lyon1.fr/bibi). Nocardia - nocardiose - diagnostic mol6culaire- identifica- tion - sli<luenr,.age. a Groupe de recherche~ Bact~riespathog~nesopportunistes et environnement• Universit6 Lyon 1 et UMR CNRS 5557 Ecologie microbienne - Villeurbanne Institut des sciences pharrnaceutiques et biologiques - Lyon Observatoire franqaisdes nocardioses Laboratoire de mycologie Facult~ de pharmacie - Universit~Claude-Bernard Lyon 1 8, av. Rockefeller 69373 Lyon cedex 08 b INSERM 0230 = Pathog~niedes staphylocoques- Facult~ de m~decineLaennec Rue Guillaume-Paradin 69372 Lyon cedex 08 • Correspondance boiron@univ-lyon I .fr article re~ le 13 f6vrler, accept6 le 16 mars 2007. © 2007 - ElsevierMasson SAS - Tous droits r~serv~s. Summary: Conventional and molecular identification of Nocardia species The number of patients suffering from nocardiosis is in constant increase in the world. Because of the nature and severity of this infection, the rapid and precise identification of Nocardia species is essential. Conventional techniques of diagnosis (chimiotaxono- mic, biochemical, physiological, and morphological) allow only a presumptive diagnostic approach. Molecular techniques of identifi- cation of Nocardia are currently proposed to microbiological labo- ratories to detect more quickly and to identify the various species of Nocardia. After the development of techniques of molecular hybridization, ribotypage and PCR - RFLP, 16S rRNA sequencing techniques are now used for the identification of Nocardia but depend on the tender of the sequences in the databases accessible to the public. Data bases RIDOM, MicroSeq and BIBI were developed for Mycobacterium and Nocardia genera. The BIBI database is a powerful and ergonomic tool that helps to analyse the results and the decision-making for bacterial identification. This database is freely accessible to the international scientific community on the Web (http://pbil.univ-lyon 1.fr/bibi). Nocardia - nocardiosis - molecular diagnosis - identifica- tion - sequencing. 1. Introduction L es bact~ries du genre Nocardia sont ubiquistes dans I'environ- nement. Elles ont ~t~ isol~es du sol, de plantes ou de composts mais aussi chez I'homme. Les infections qu'elles provoquent r~sultent g~n6ralement de I'inhalation des bact~ries ou de la contamination d'une plaie. Leur proliferation dans I'organisme est & I'origine d'une infection granulomateuse et suppurative, Iocalis~e ou diss6min6e : la nocardiose. Les infections & Nocardia ont Iongtemps ~t6 consid~r6es comme rares (150 & 250 nouveaux cas annuels dans les ann~es 1990) et ceci d'au- tant plus que le diagnostic des nocardioses, qu'il soit direct ou indi- rect immunologique, est Iongtemps rest6 hors de pottle d'un grand nombre de laboratoires. Depuis quelques ann6es, la situation subit de profonds changements. Le nombre de patients atteints de nocardiose dans le monde est en constante augmentation. Si une majorit6 des patients concern~s pr~sentent des facteurs de risque, g~n~rale- ment un terrain d'immunod~pression, il faut noter que 30 % des cas sont observ6s chez des sujets apparemment immunocomp~tents. En raison de la nature et de la gravit~ des infections dont elles sont RevueFrancophone des Laboratoires, avri12007, N °391 4g