Allozyme and microsatellite diversity in natural and domestic populations of turbot ( Scophthalmus maximus) in comparison with other Pleuronectiformes C. Bouza, P. Presa, J. Castro, L. Sánchez, and P. Martínez Abstract: Twelve microsatellite and 28 allozyme loci were employed to analyse genetic diversity in natural and domes- tic populations of turbot (Scophthalmus maximus) from northwest Spain in comparison with other flatfish species with similar habitat, life history, and geographic distribution—the brill (Scophthalmus rhombus) and the flounder (Platichthys flesus). These species had shown much higher allozyme diversity than turbot in previous studies, and were used as a reference to check for putative historical bottlenecks in turbot. Significantly lower genetic variability in turbot than in brill and flounder was confirmed with allozymes, but not with the highly variable microsatellite loci. This intermarker discrepancy could be explained by different mutation rates in relation with historical bottlenecks along tur- bot evolution. A significantly lower genetic diversity was observed in a domestic strain of turbot than in natural popu- lations of this species. This sample evidenced a strong family structure from microsatellite data, which suggests caution against the use of commercial batches for broodstock foundation in turbot farming. A strong concordance was found across the two categories of markers used when analysing the pattern of genetic subdivision at a local scale within the three species analysed, low and nonsignificant genetic differentiation being observed between Atlantic and Cantabric areas. Résumé : L’étude de 12 sites microsatellites et de 28 locus d’allozymes nous a permis d’analyser la diversité génétique de populations naturelles et domestiquées du turbot (Scophthalmus maximus) du nord-ouest de l’Espagne et de la comparer à celle de deux autres poissons plats, la barbue (Scophthalmus rhombus) et le flet (Platichthys flesus), qui possèdent un habitat, un cycle biologique et une répartition géographique similaires. Lors d’études antérieures, ces es- pèces affichaient une diversité d’allozymes beaucoup plus élevée que le turbot; on les utilisait donc comme point de ré- férence pour vérifier l’existence de présumés goulots d’étranglement dans l’histoire génétique du turbot. Nous pouvons, à l’étude des allozymes, confirmer la variabilité génétique réduite du turbot par comparaison avec la barbue et le flet, mais pas à l’examen des locus microsatellites qui sont très variables. Le désaccord entre les deux marqueurs peut sans doute s’expliquer par des taux de mutation différents en fonction des divers goulots d’étranglement durant l’évolution du turbot. La diversité génétique est significativement plus basse chez les lignées domestiquées de turbot que chez la population naturelle. Les données sur les microsatellites de notre échantillon révèlent l’existence d’une forte structure familiale; il y a donc lieu d’émettre une mise en garde contre l’utilisation de groupes commerciaux comme source des stocks reproducteurs dans l’élevage commercial des turbots. Les deux catégories de marqueurs montrent une forte concordance dans l’analyse des structures de subdivision génétique à l’échelle locale pour les trois espèces examinées; il y a une différentiation génétique faible, mais non-significative, entre les zones atlantique et cantabrique. [Traduit par la Rédaction] Bouza et al. 1473 Introduction The turbot (Scophthalmus maximus) is a marine flatfish of great commercial value. It is distributed all along European coasts, from Norway to Morocco in the Atlantic area, and across the Northern costs of Mediterranean up to the Black Sea (Blanquer et al. 1992). The decay of turbot fisheries in the last decade has been accompanied by an increase in its domestic production, one of the main problems in culture still being the low larval viability (which can reach values around 10% under optimal conditions). The existence of in- breeding depression in cultured populations has been sug- gested, considering their lower allozymic diversity than in natural populations and the negative correlation observed between heterozygosity and fluctuating asymmetry in bilat- eral meristic counts (Bouza et al. 1997). The reduced genetic Can. J. Fish. Aquat. Sci. 59: 1460–1473 (2002) DOI: 10.1139/F02-114 © 2002 NRC Canada 1460 Received 24 January 2002. Accepted 19 July 2002. Published on the NRC Research Press Web site at http://cjfas.nrc.ca on 11 September 2002. J16735 C. Bouza, J. Castro, L. Sánchez, and P. Martínez. 1 Departamento de Genética, Facultad de Veterinaria, Universidad de Santiago de Compostela, 27002 Lugo, Spain. P. Presa. Departamento de Bioquímica, Genética e Inmunología, Facultad de Biología, Universidad de Vigo, 36200 Vigo, Spain. 1 Corresponding author (e-mail: paumarpo@lugo.usc.es).