Nucleic Acid Sequence Alignments of Partly Coding Regions DISSERTATION zur Erlangung des akademischen Grades Doctor rerum naturalium Vorgelegt der Fakult¨atf¨ ur Naturwissenschaften und Mathematik der Universit¨at Wien von Mag. Roman Stocsits am Institut f¨ ur Theoretische Chemie und Molekulare Strukturbiologie Februar 2003