856 Conservation Biology, Pages 856–864 Volume 12, No. 4, August 1998 Comparison of Breeding Strategies for Purging Inbreeding Depression via Simulation YONG-BI FU,* GENE NAMKOONG, AND JOHN E. CARLSON Department of Forest Sciences, University of British Columbia, Vancouver, British Columbia V6T 1Z4, Canada Abstract: Purging deleterious genes in breeding programs, particularly with endangered species, has become of increased interest in recent years, but less attention has been paid to the effectiveness of alternative breed- ing schemes in these purging programs. We conducted a computer simulation to examine the relative effec- tiveness of purging deleterious genes in five breeding schemes: continuous selfing, half-sib mating, and three mixtures of selfing or half-sib mating alternating over generations. We considered a multiplicative fitness model of lethal, highly detrimental, and detrimental genes affecting viability. We simulated a diploid breed- ing population of progeny sizes (10, 50, 200) with initial lethal equivalents of 2, 4, 6, 8, and 10 in which each of the five breeding schemes was applied over 10 generations. The patterns of purging, progeny survival, and probability of population extinction were compared among the breeding schemes. Continuous selfing could quickly purge deleterious genes of large effect, especially for increasing progeny fitness, but not necessarily with a low probability of extinction. Continuous half-sib mating could be as effective in purging as continu- ous selfing, especially after several generations, but generally with low risk of extinction. The breeding schemes of mixed selfing and half-sib mating fall mostly between continuous selfing and half-sib mating schemes in the effectiveness of purging deleterious genes as well as progeny survival and probability of ex- tinction. These results suggest that a mild inbreeding system such as half-sib mating might be the breeding scheme of choice in breeding programs of endangered species, especially for avoiding increases in extinction probability. Comparación de Estrategias de Reproducción para Eliminar Depresión por Intracruza via Simulación Resumen: La eliminación de genes dañinos en programas de reproducción, particularmente en especies en peligro de extinción, ha tomado un creciente interés en los últimos años. Sin embargo, poca atención se ha prestado a las investigaciones sobre la efectividad de esquemas alternativos de reproducción en estos progra- mas de purga. Conducimos una simulación por computadora para examinar la efectividad relativa de la purga de genes dañinos en cinco esquemas de cruza (i.e. cruza continua con-el-mismo y cruzas de medios- hermanos, asi como tres mezclas de cruza con-el-mismo o cruzas de medios-hermanos alternando por varias generaciones). Consideramos un modelo de capacidad multiplicativa de genes letales, altamente perjudi- ciales y perjudiciales afectando la viabilidad. Simulamos la cruza de una población diploide de tamaños de progenie (10, 50, 200) con equivalentes letales de 2, 4, 6, 8 y 10 a los cuales cada uno de los cinco programas de cruza fueron aplicados por mas de 10 generaciones. Los patrones de purga, supervivencia de la progenie y probabilidad de extinción poblacional fueron comparados entre los esquemas reproductivos. Cruza continua con-el-mismo podría eliminar rápidamente genes dañinos de largo efecto, especialmente al incrementar la condición de la progenie, pero no necesariamente con una población con baja probabilidad de extinción. Cruza continua de medios-hermanos podría ser tan efectiva como la anterior en la purga de genes, especial- mente despues de varias generaciones, pero generalmente con bajo riesgo de extinción. Los esquemas de cruza mezclados mayormente caen entre uno y otro esquema en cuanto a la efectividad de la purga de genes dañinos, asi como para la supervivencia de la progenie y la probabilidad de extinción. Estos resultados * email yongbifu@unixg.ubc.ca Paper submitted February 3, 1997; revised manuscript accepted October 30, 1997.