An SSR-based linkage map of yardlong bean (Vigna unguiculata (L.) Walp. subsp. unguiculata Sesquipedalis Group) and QTL analysis of pod length Alisa Kongjaimun, Akito Kaga, Norihiko Tomooka, Prakit Somta, Takehiko Shimizu, Yujian Shu, Takehisa Isemura, Duncan A. Vaughan, and Peerasak Srinives Abstract: Yardlong bean (Vigna unguiculata (L.) Walp. subsp. unguiculata Sesquipedalis Group) (2n =2x = 22) is one of the most important vegetable legumes of Asia. The objectives of this study were to develop a genetic linkage map of yard- long bean using SSR makers from related Vigna species and to identify QTLs for pod length. The map was constructed from 226 simple sequence repeat (SSR) markers from cowpea (Vigna unguiculata (L.) Walp. subsp. unguiculata Unguicu- lata Group), azuki bean (Vigna angularis (Willd.) Ohwi & Ohashi), and mungbean (Vigna radiata (L.) Wilczek) in a BC1F1 ((JP81610 × TVnu457) × JP81610) population derived from the cross between yardlong bean accession JP81610 and wild cowpea (Vigna unguiculata subsp. unguiculata var. spontanea) accession TVnu457. The markers were clustered into 11 linkage groups (LGs) spanning 852.4 cM in total length with a mean distance between adjacent markers of 3.96 cM. All markers on LG11 showed segregation distortion towards the homozygous yardlong bean JP81610 genotype. The markers on LG11 were also distorted in the rice bean (Vigna umbellata (Thunb.) Ohwi & Ohashi) map, suggesting the presence of common segregation distortion factors in Vigna species on this LG. One major and six minor QTLs were identified for pod length variation between yardlong bean and wild cowpea. Using flanking markers, six of the seven QTLs were confirmed in an F 2 population of JP81610 × TVnu457. The molecular linkage map developed and markers linked to pod length QTLs would be potentially useful for yardlong bean and cowpea breeding. Key words: cowpea, linkage map, microsatellite markers, Vigna unguiculata, yardlong bean. Résumé : La dolique asperge (Vigna unguiculata (L.) Walp. subsp. unguiculata Sesquipedalis Group) (2n =2x = 22) est l’une des légumineuses potagères les plus importantes en Asie. Les objectifs de ce travail étaient de développer une carte génétique de la dolique asperge en employant des marqueurs SSR provenant d’espèces apparentées du genre Vigna et d’i- dentifier des QTL pour la longueur de la gousse. La carte produite compte 226 marqueurs SSR provenant du niébé (Vigna unguiculata (L.) Walp. subsp. unguiculata Unguiculata Group), du haricot azuki (Vigna angularis (Willd.) Ohwi & Ohashi) et du haricot mungo (Vigna radiata (L.) Wilczek) au sein d’une population BC 1 F 1 ((JP81610 × TVnu457) × JP81610) déri- vée d’un croisement entre l’accession JP81610 de la dolique asperge et l’accession TVnu457 du niébé sauvage (Vigna un- guiculata subsp. unguiculata var. spontanea). Les marqueurs ont formé 11 groupes de liaison (LG) s’étendant sur 852,4 cM, pour une distance moyenne entre les marqueurs de 3,96 cM. Tous les marqueurs sur le LG11 présentaient un biais de ségrégation en faveur du génotype de la dolique asperge JP81610. Les marqueurs du LG11 présentaient également un biais au sein de la carte génétique du haricot riz (Vigna umbellata (Thunb.) Ohwi & Ohashi), ce qui suggère la présence partagée de facteurs causant la distorsion génétique chez les espèces du genre Vigna sur ce groupe de liaison. Un QTL majeur et six QTL mineurs ont été identifiés pour expliquer la variation pour la longueur des gousses entre la dolique asperge et le niébé sauvage. À l’aide de marqueurs voisins, six des sept QTL ont été confirmés au sein d’une population F 2 JP81610 × Received 4 September 2011. Accepted 13 November 2011. Published at www.nrcresearchpress.com/gen on 13 January 2012. Paper handled by Associate Editor G. Scoles. A. Kongjaimun.* Program in Plant Breeding, Faculty of Agriculture at Kamphaeng Saen, Kasetsart University, Nakhon Pathom 73140, Thailand. A. Kaga,* N. Tomooka,* Y. Shu, and T. Isemura. Genebank, National Institute of Agrobiological Sciences, Kannondai 2-1-2, Tsukuba, Ibaraki 305-8602, Japan. P. Somta and P. Srinives. Department of Agronomy, Faculty of Agriculture at Kamphaeng Saen, Kasetsart University, Nakhon Pathom 73140, Thailand. T. Shimizu. Institute of Society for Techno-Innovation of Agriculture, Forestry and Fisheries, Kamiyokoba Ippaizuka 446-1, Tsukuba, Ibaraki 305-0854, Japan. D.A. Vaughan. Genebank, National Institute of Agrobiological Sciences, Kannondai 2-1-2, Tsukuba, Ibaraki 305-8602, Japan; FAO Regional Office for Asia and the Pacific, Maliwan Mansion, 39 Phra Atit Road, Bangkok 10200, Thailand. Corresponding author: Peerasak Srinives (e-mail: agrpss@yahoo.com). *These authors contributed equally to this publication. 81 Genome 55: 81–92 (2012) doi:10.1139/G11-078 Published by NRC Research Press Genome Downloaded from www.nrcresearchpress.com by NOGYO SEIBUTSU SHIGEN on 04/24/12 For personal use only.