Karakterisasi molekuler bakteri probiotik ikan kerapu bebek 13 Jurnal Natur Indonesia 10 (1), Oktober 2007: 13 - 17 ISSN 1410-9379, Keputusan Akreditasi No 55/DIKTI/Kep./2005 Karakterisasi Molekuler Bakteri Probiotik Ikan Kerapu Bebek Berbasis Teknik 16S Ribosomal DNA Feliatra, Nursyirwani, & Wahyudi Andrito Laboratorium Mikrobiologi, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Riau, Pekanbaru 28293 Email: feliatra@yahoo.com Diterima 13-05-2007 Disetujui 02-09-2007 ABSTRACT The aim of research was to find the molecular characteristics of probiotic bacteria in the digestive tract of grouper fish (Chromileptes altivelis) based on 16S ribosomal DNA technique. The bacteria were isolated from stomach and intestine of the fish and were analized in the Marine Microbiology Laboratory of fishery and marine Science Faculty of Riau University. The bacterial DNA were isolated by using a PCR (polymerase Chain Reaction) and was conducted in the biotechnology laboratory of Diponegoro University, Semarang. The purified DNA was sequenced in the BPPT Tangerang. Result shown that 6 bacterial species may be potential as probiotic. There were Bacillus velesensis strain CR-11, Vibio alginolyticus A3G-2, Bacillus cereus site2S, uncultured bacterium clone BB3S16S-17, Bacillus subtillus strain CICC10066, and Bacillus flexus strain LF-3. these bacteria grow well at pH 2 and this indicated one of probiotic bacteria characteristics. Keywords: bacteria, DNA, fish, probiotic PENDAHULUAN Pesatnya perkembangan usaha pembesaran ikan kerapu bebek tidak didukung oleh ketersedian pakan, sehingga di beberapa daerah yang potensial untuk pengembangan usaha pembesaran sering terjadi kendala kekurangan pakan. Dalam usaha pembesaran ikan, pakan merupakan faktor utama yang harus terus tersedia dan menjadi salah satu faktor keberhasilan dalam budidaya ikan. Ketersediaan pakan yang berkualitas dengan memperhatikan keseimbangan gizi dan jumlah yang sesuai dengan kebutuhan, tepat waktu dan berkelanjutan membutuhkan biaya produksi yang cukup besar (Akbar 2005). Sebagai pengganti antibiotik, nutritionist merekomendasikan peternak menggunakan probiotik sebagai bahan aditif. Probiotik merupakan mikroorganisme yang dapat meningkatkan pertumbuhan dan efisiensi pakan ternak tanpa mengakibatkan terjadinya proses penyerapan komponen probiotik dalam tubuh ternak, sehingga tidak terdapat residu dan tidak terjadinya mutasi pada ternak. Selanjutnya ditambahkan bahwa bakteri probiotik dapat memberikan keutungan pada kesehatan manusia dan ternak seperti meningkatkan pertumbuhan, meningkatkan produksi susu, dan meningkatkan sistem kekebalan tubuh. Sekuens 16S rDNA probiotik dalam akuakultur masih merupakan konsep baru pada bidang perikanan, beberapa penelitian sejauh ini masih terfokus pada masalah pengontrolan terhadap penyakit dan keuntungan dalam perbaikan pertumbuhan dari penambahan probiotik. Bakteri probiotik dapat bertahan hidup dalam saluran pencernaan setelah dikonsumsi. Bakteri ini tahan terhadap lisozim (zat pemecah dinding sel bakteri) dan asam empedu sehingga sampai ke usus dalam keadaan hidup, mampu melekat pada sel epithelia, dan menjaga keharmonisan komposisi bakteri saluran pencernaan (Feliatra 2002). Selanjutnya bakteri ini mampu mengatasi intoleransi terhadap laktosa, mencegah diare, sembelit, kanker, hipertensi, menurunkan kolesterol, menormalkan komposisi bakteri saluran pencernaan setelah pengobatan antibiotik, serta meningkatkan sistem kekebalan tubuh (Waspodo 2002). Gen 16S rDNA merupakan komponen penting dalam sel dan sangat menguntungkan di dalam analisis filogenik, karena terdiri dari daerah-daerah yang dikonservasi sehingga mutasi akan terbatas, studi sistematika bakteri pada tingkat famili, genus, spesies, ataupun subspesies (Chen et al, 2000). Brock dan Madigan, (1991), menyatakan bahwa 16S rDNA sangat mudah penanganannya dari pada 23S rDNA, maka 16S rDNA lebih sering digunakan untuk