CNU Journal of Agricultural Science 39(1), 2012. 3 9 Microsatellite 를 이용한 자포니카 벼의 다양성 분석 나소 1 ㆍ상세티 1 ㆍ양바오로 1 ㆍ이현숙 1 ㆍ안상낙 1 * 1 충남대학교 농학과 Diversity analysis of japonica rice using microsatellite markers Luo Xiao 1 , Sangshetty Balkunde 1 , PaulYang 1 , Hyun-Sook Lee 1 , Sang-Nag Ahn 1 * 1 Department of Agronomy, Chungnam National University, Daejeon 305-764, Korea Received on 6 February 2012, revised on 17 February 2012, accepted on 23 March 2012 Abstract : The study was conducted to evaluate the genetic similarity among commercial japonica rice varieties in Korea and China and to develop markers to differentiate between japonica cultivars developed in Korea and China. The genetic similarity and cluster of 38 accessions were analyzed using 47 SSR(simple sequence repeat) markers. The number of alleles by 47 SSR markers ranged from 2 to 9 with an average of 3.6. A total of 169 alleles were detected among these tested rice varieties. The PIC value varied from 0.05 to 0.79 with an average of 0.44. The Chinese japonica cultivars could be differentiated from the japonica cultivars in Korea by combining 2 SSR markers, RM223 and RM266. Cluster analysis showed that 38 tested varieties could be distinguished into japonica and indica based on the genetic distance. Key words : Rice, SSR marker, Genetic distance, Cluster analysis *Corresponding author: Tel: +82-42-821-5728 E-mail address: ahnsn@cnu.ac.kr I. 서 론 쌀은 우리나라에서 단일 작목으로 최대 면적을 차지하며 국내 생산으로 거의 자급이 가능한 주곡이다. 지속적인 소 비 감소와 수요량을 초과하는 쌀 생산으로 인한 가격 하락 등은 재배면적의 감소를 가져왔고 최근 10년 동안 재배면 적의 감소는 그 폭이 1.8% 로 이전에 비해 가장 컸다(Rural Development Administration 2011). 1993년 UR 농업협 상을 통해 우리나라는 쌀의 관세화를 유예하는 대신 최소 시장접근 물량을 허용하였고, 2004 년 도하개발 아젠다 농 업협상에서 관세화 유예를 10년간(2005-2014) 추가 연장 하는데 합의하였다(Rural Development Administration 2011). 관세화 유예의 대가로 쌀을 수입하고 있으며 수입된 쌀은 가공용과 밥쌀용으로 판매하고 있다. 수입쌀은 중국 및 미국산 중단립종의 수입이 증가하고 있으며 국제곡물가 격 상승으로 수입가격도 상승하고 있다. 특히 밥쌀용으로 수입되는 중국 쌀은 주로 단립종으로 동북3성(흑룡강성, 요령성, 길림성)에서 재배되고 수확시기는 8 - 10월 경이 며 외관상 국내산과 유사하기 때문에 판별이 어려운 실정 이다(Rural Development Administration, 2011). 동 ･ 식물의 염색체에 고르게 분포하고 있는 microsatellite 는 이들과 인접한 염기서열이 매우 보존적이며 생성되는 allele의 수가 많아 품종 간 높은 다형성을 보이기 때문에 게놈 연구에 중요하게 이용되고 있다 . Microsatellite 유전 자좌의 다형성은 단순 반복 염기서열의 반복 횟수의 차이 로 관찰되므로 이를 SSR 마커라고도 부르며, DNA 복제시 unequal crossing over 등으로 생겨난다고 보고되고 있다 (Richards와 Sutherland, 1994). SSR 마커는 RFLP 보다 품종 간에 높은 다형화 현상을 보이며(Panaud 등, 1996) 근연간의 품종 차이를 검정하는데 RAPD 보다 효율적이고 (Kwon 등 , 1999a) 벼에서는 마커 간 평균거리가 3-4cM 이 면서 전체 게놈을 대표하는 SSR 마커가 개발되어 있다 (McCouch 등, 2002). 자포니카 벼의 다양성과 근연관계 분석 연구로는 Kwon 등(1999a)이 SSR 마커와 RAPD 마커를 이용하여 품종간 분류 및 유전적 다양성을 분석하였다 . Ji 등 (1998) 이 51 개의 CNU Journal of Agricultural Science Vol. 39, No. 1, pp. 9-15, March 2012