Genetic mapping of resistance factors to Phytophthora palmivora in cocoa M.-H. Flament, I. Kebe, D. Clément, I. Pieretti, A.-M. Risterucci, J.-A.-K. N’Goran, C. Cilas, D. Despréaux, and C. Lanaud Abstract: Phytophthora palmivora causes pod rot, a serious disease on cocoa widespread throughout the producing re- gions. In order to ascertain the genetic determination of cocoa resistance to P. palmivora, a study was carried out on two progenies derived from crosses between a heterozygous, moderately resistant Forastero clone, T60/887, and two closely related and highly susceptible Forastero clones, one completely homozygous, IFC2, and one partially heterozy- gous, IFC5. The cumulative size of both progenies was 112 individuals. Plants were subjected to natural and artificial inoculation of P. palmivora in Côte d’Ivoire. The genetic maps of T60/887 and of IFC5 were constructed using ampli- fied fragment length polymorphism (AFLP) markers and microsatellites. The map of T60/887 comprised 198 markers assembled in 11 linkage groups and representing a total length of 793 cM. The map of IFC5 comprised 55 AFLP markers that were assembled into six linkage groups for a total length of 244 cM. Ratio of rotten over total number of fruit under natural infection was measured for each tree over two harvests. Artificial inoculations were performed on leaves and pods. These tests were weakly correlated with the pod rot rate in the field. Five quantitative trait loci (QTLs) of resistance were detected for T60/887 but none were common between the three traits measured. Stability and reliability of the experimental procedures are discussed and revealed the difficult use of these artificial tests on adult trees for a good prediction of field resistance. Key words: Theobroma cacao, Phytophthora palmivora, cocoa black pod disease, genetic map, quantitative trait locus (QTL). Résumé : Le Phytophthora palmivora provoque la pourriture des cabosses, une maladie sévère du cacaoyer, répandue dans toutes les régions de production. Pour comprendre le déterminisme génétique de la résistance à P. palmivora une étude a été menée sur deux descendances dérivées de croisements entre un clone Forastero hétérozygote modérément résistant, T60/887, et deux clones Forastero génétiquement proches et très sensibles, l’un complètement homozygote, IFC2, l’autre partiellement hétérozygote, IFC5. La taille cumulée des deux descendances est de 112 individus. Les plants sont soumis à des inoculations naturelles et artificielles de P. palmivora en Côte d’Ivoire. Les cartes génétiques de T60/887 et de IFC5 ont été construites à l’aide de marqueurs AFLPs et microsatellites. La carte de T60/887 com- prend 198 marqueurs réunis en 11 groupes de liaison et représente une taille de 793 cM. La carte de IFC5 comprend 55 marqueurs AFLP (polymorphisme de longueur des fragments amplifiés) rassemblés en six groupes de liaison repré- sentant une longueur totale de 244 cM. Le pourcentage de fruits pourris sous infection naturelle a été mesuré pour chaque arbre pendant deux récoltes. Les inoculations artificielles ont été conduites sur feuilles et cabosses. Celles-ci sont faiblement corrélées aux taux de pourriture au champ. Cinq loci de caractère quantitatifs (QTLs) ont été détectés pour T60/887 mais aucun n’est commun entre les trois caractères mesurés. La stabilité et la fiabilité des procédures ex- périmentales sont discutées et révèlent la difficulté d’utiliser les tests artificiels sur arbres adultes pour prédire le taux de pourriture au champ des arbres. Mots clés : Theobroma cacao, Phytophthora palmivora, pourriture brune du cacaoyer, carte génétique, locus de carac- tère quantitatifs. Flament et al. 85 Introduction Black pod on cocoa is caused by different Phytophthora species. Phytophthora palmivora (Butler 1919) was initially considered the only species causing Phytophthora pod rot on cocoa, but in the 1970s, several authors revised the classifi- cation of Phytophthora isolates found on cocoa, based on the size and the number of chromosomes (Sansomé et al. Genome 44: 79–85 (2001) © 2001 NRC Canada 79 DOI: 10.1139/gen-44-1-79 Corresponding Editor: C.B. Gillies. Received June 1, 2000. Accepted November 1, 2000. Published on the NRC Research Press web site February 2, 2001. M.-H. Flament, D. Clément, I. Pieretti, A.-M. Risterucci, C. Cilas, D. Despréaux, and C. Lanaud. 1 Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (CIRAD), Programme Biotrop, TA 40/03, Avenue d’Agropolis, 34398 Montpellier Cédex 5, France. I. Kebe and J.-A.-K. N’Goran. Centre national de la recherche agronomique (CNRA), B.P. 808, Divo, Côte d’Ivoire. 1 Author to whom all correspondence should be addressed.