PROS SEM NAS MASY BIODIV INDON Volume 4, Nomor 2, Desember 2018 ISSN: 2407-8050 Halaman: 190-194 DOI: 10.13057/psnmbi/m040216 Hubungan kekerabatan padi gogo pada kondisi ternaungi berdasarkan analisis RAPD Relationship analysis of upland rice under shading condition based on RAPD YULI SULISTYOWATI 1,♥ , ANGELITA PUJI LESTARI 2 , ENUNG SRI MULYANINGSIH 1 1 Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI. Jl. Raya Bogor KM 46 Cibinong 61911, Jawa Barat, Indonesia. Tel. +62-021-8754587,  email: ysulistyowati@yahoo.com 2 Balai Besar Penelitian Tanaman Padi (BB Padi). Jl. Raya 12 Sukamandi Subang 41256, Jawa Barat, Indonesia. Manuskrip diterima: 23 Juni 2018. Revisi disetujui: 24 Juli 2018. Abstrak. Sulistyowati Y, Lestari AP, Mulyaningsih ES. 2018. Hubungan kekerabatan padi gogo pada kondisi ternaungi berdasarkan analisis RAPD. Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 4: 190-194. Padi gogo merupakan tanaman yang toleran pada lahan kering dan dapat ditanam sebagai tanaman sela di bawah tegakan. Akan tetapi naungan tanaman tegakan menjadi kendala pertumbuhannya di lahan perkebunan, sehingga perlu upaya untuk memperoleh varietas padi gogo yang toleran tehadap kondisi naungan. Marka molekuler dapat digunakan untuk menganalisis keragaman genetik, mengetahui identitas kultivar dan studi evolusi. RAPD (Random amplified polymorphism DNA) merupakan salah satu metode untuk menganalisis keragaman genetik. Penelitian sebelumnya telah dilakukan seleksi terhadap 200 genotipe padi gogo yang diberi perlakuan naungan, selanjutnya 19 genotipe dengan hasil/rumpun tinggi dan 11 genotipe dengan hasil/rumpun rendah digunakan dalam penelitian ini. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk memperoleh informasi keragaman genetik dari 30 padi gogo yang ditanam pada kondisi naungan berdasarkan analisis marka molekuler. Tiga puluh genotipe padi gogo dievaluasi menggunakan 20 marka RAPD. Hasil analisis diperoleh 12 marka menunjukkan pita polimorfik yang jelas untuk selanjutnya dianalisis menggunakan program NTSYS 2.02. Hasil analisis menunjukkan terdapat 72 lokus RAPD, dengan rata-rata 6 pita per primer. Analisis dendogram pada koefisien kemiripan 0.76 terdapat 4 kelompok (kluster). Jumlah genotipe untuk masing-masing kluster berturut-turut adalah 16, 9, 3 dan 2 (kluster 1,2,3 dan 4). Informasi genetik berguna untuk pemilihan tetua dan mengetahui keragaman plasma nutfah yang ada. Kata kunci: Naungan, padi gogo, RAPD Abstract. Sulistyowati Y, Lestari AP, Mulyaningsih ES. 2018. Relationship analysis of upland rice under shading condition based on RAPD Pros Sem Nas Masy Biodiv Indon 4: 190-194. Upland rice is tolerant crops on dry land and can be planted as a crop stream to the area under the stands. However, the shade area under the stands often affect the growth of rice in the fields. Efforts to develop upland rice varieties tolerant shade is necessary. Molekuler markers can be used to analysis genetic variability, inform cultivar identity and evolution study. RAPD (Randomly amplified polymorphic DNA) is one of the methods to analysis genetic variability. In a previous study, screening level of 200 rice genotypes had been done in a controlled shade using paranet.19 genotypes with high yield and 11 genotypes with low yield under controlled shade were used in this study. The objective of this study was to assess the genetic variability of 30 rice genotypes that planted under the shade area using molekuler marker analysis. Thirty rice genotypes were analized using 20 RAPD primer. Twelve out of 20 primer gave the polimorfic bands and then analyzed using the NTSYS 2.02 program. The results showed a total of 72 RAPD loci, with an average of 6 fragmen per primer. The dendrogram for pooled data showed four clusters in similarity coefficient 0.76. The number of genotypes of each cluster were 16, 9, 3 and 2 respectively (cluster 1,2,3,and 4). The information of genetic variability is useful in the choice of parents for plant breeding and assess the variability of germplas. Keywords: Shading, upland rice, RAPD PENDAHULUAN Beras merupakan makanan pokok bagi sebagian besar penduduk di Indonesia. Untuk memenuhi kebutuhan pangan bagi penduduk yang terus meningkat diperlukan ketersediaan pangan yang cukup. Seiring semakin berkurangnya sawah atau lahan subur untuk pertanian, maka diperlukan pemanfaatan lahan-lahan sub optimal. Salah satu lahan sub optimal adalah lahan perkebunan atau dibawah tegakan. Padi gogo merupakan padi yang ditanam pada lahan kering sehingga dapat diupayakan sebagai tanaman sela pada tanaman tahunan terutama saat belum berproduksi serta tajuk belum saling menutupi. Akan tetapi pengembangan padi gogo sebagai tanaman sela untuk areal di bawah tegakan sering menghadapi berbagai kendala, terutama intensitas cahaya yang rendah. Menurut Harsanti (2011) kekurangan cahaya pada tanaman padi gogo dapat mengakibatkan terganggunya proses metabolisme sehingga menurunkan laju fotosintesis dan sintesis karbohidrat yang selanjutnya dapat menyebabkan penurunan hasil. Cahaya matahari merupakan sumber energi untuk proses fotosintesis (Sirait 2008). Oleh karena itu diperlukan upaya