IPEN Informe Científico Tecnológico 2009 163 Identificación preliminar de microflora bacteriana en el compartimiento 1 del sistema digestivo en alpacas (Vicugna pacos) Jorge Rodríguez 1, 2,* , Fernando Carcelen 1 , Juan Agapito 3 , Teresa Barreto 2 , Carolina Rodríguez 1 , Felipe San Martín 1 1 Laboratorio de Bioquímica, Nutrición y Alimentación Animal – Facultad de Medicina Veterinaria, Universidad Nacional Mayor de San Marcos, Av. Circunvalación cda 29 S/N, Lima 41, Perú 2 Unidad de Biotecnología Molecular – Laboratorios de Investigación y Desarrollo, Universidad Peruana Cayetano Heredia, Av. Honorio Delgado 430, Lima 31, Perú 3 Laboratorio de Genómica, Instituto Peruano de Energía Nuclear Av. Canadá 1470, Lima 41, Perú Resumen Un estudio preliminar de identificación de bacterias presentes en el compartimiento 1 de alpacas Huacaya fue realizado. Fragmentos de 728 bases del gen 16S rDNA fueron amplificados mediante PCR. Los productos de PCR fueron clonados en un vector de expresión PGEM–T (Promega), transformados en Escherichia coli JM109 y secuenciados en un analizador genético ABI 3130. El análisis de 32 secuencias del gen 16S rDNA indicaron altos grados de similaridad (> 95%, > e-140) con secuencias de bacterias previamente descritas en bases de datos del GeneBank, Blast server for bacterial identification, Ribosomal database project y BiBi database. Sin embargo, un 25 % de las secuencias no mostraron similaridad con secuencias bacterianas descritas previamente. Los resultados indican la presencia de Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus bromi, Clostridium thermocellum, Succiniclasticum ruminis, Sporobacter termitidis, Fastidiosipila sanguinis y sugieren la presencia de bacterias no descritas a la fecha en el compartimiento 1 de la alpaca. Abstract A preliminary study on identification of bacteria present in compartment 1 of Huacaya alpacas was performed. Fragments of 728 bases of 16S rDNA gene were amplified using PCR. PCR products were cloned into an pGEM-T (Promega) expression vector, transformed into Escherichia coli JM109 and sequenced in an ABI 3130 Genetic Analyzer. The analysis of 32 16S rDNA sequences indicated a high degree of similarity (> 95% ,> e-140) with sequences of bacteria previously described in the GenBank database, Blast server for bacterial identification, Ribosomal Database Proyect and BiBi database. However, 25 % of sequences do showed similarity with any bacterial sequences described in bacterial database. The results indicate presence of Ruminococcus flavefaciens, Ruminococcus bromi, Clostridium thermocellum, Succiniclasticum ruminis, Sporobacter termitidis, Fastidiosipila sanguinis and suggest the presence of bacteria not yet described in the alpaca compartment 1. 1. Introducción La caracterización de la microbiota gastrointestinal en animales domésticos es la primera etapa en el desarrollo de biotecnologías aplicadas a la nutrición animal. Tradicionalmente la microbiota bacteriana ha sido estudiada mediante cultivo, lo cual requería una intensa labor e información sobre requerimientos nutricionales y de crecimiento bacterianos. Estos métodos han sido sustituidos por técnicas moleculares, basadas en la amplificación y secuenciamiento de fragmentos del gen ribosomal 16S [1,2]. El gen ribosomal 16S se encuentra presente en todos los genomas bacterianos, es altamente conservado y posee una extensión de aproximadamente 1.5 Kb [1]. Su estructura incluye regiones conservadas y altamente variables intercaladas, lo cual permite la identificación de géneros y especies bacterianas mediante la amplificación y secuenciamiento del gen [10].* La caracterización molecular de la microflora * Correspondencia autor: jorge.rodriguez.b@upch.pe