60 PENDAHULUAN Virus infectious bursal disease (IBD) merupakan agen penyebab penyakit yang dikenal sebagai Gumboro. Sekalipun telah dikenal sejak lebih dari 40 tahun yang lalu, penyakit ini tetap sebagai ancaman penting bagi industri peternakan ayam (Mueller. 2003). Munculnya virus varian serta galur sangat virulen (very virulent/vv) dianggap bertanggung- jawab pada berbagai kasus wabah pada peternakan unggas yang telah mendapat vaksinasi secara rutin (Brown et al. 1994; Yamaguchi et al. 1996) Informasi genetik dari beberapa isolat gumboro asal Bali (Mahardika 2005a; 2005b) Analisis Filogenetik Sekuen Nukleotida bagian Hipervariabel Protein VP2 Virus Gumboro Isolat Indonesia (PHYLOGENETIC ANALYSIS OF NUCLEOTIDE SEQUENCE OF HIPERVARIABLE FRAGMENT OF VP2 OF INFECTIOUS BURSAL DISEASE VIRUS ISOLATED IN INDONESIA) I Gusti Ngurah Kade Mahardika 1 , Lies Parede 2 1 Laboratorium Virologi, Fakultas Kedokteran Hewan Universitas Udayana Jl PB Sudirman, Denpasar; Telp 0361701808; Faksimili: 0361-701808 Email: gnmahardika@indosat.net.id 2 Balai Besar Penelitian Veteriner, Jln Martadinata, Bogor. ABSTRAK Sekuen nukleotida bagian hipervariabel dari VP2 virus Gumboro/Infectious Bursal Disease (IBD) asal Bali dan daerah lain di Indonesia dibandingkan dengan virus IBD standard virulent (sv) dan very virulent (vv) manca negara yang dapat diakses pada GeneBank. Pembandingan dilakukan dengan menggunakan program penjajaran sekuens bertingkat dengan piranti lunak ClustalW (Mega 3.1). Pohon filogenetik dikontruksi dengan cara  Neighbor-Joining dan diuji dengan Bootstrap. Hasil analisis menunjukkan bahwa virus IBD secara genetik dapat dikelompokkan dalam dua kelompok (cluster) besar, yaitu kelompok virus IBD Amerika-Eropa dan Australia. Kelompok IBD Amerika-Eropa selanjutnya terbagi lagi dalam dua sub-kelompok, yaitu sub-kelompok IBD-klasik dan sub-kelompok vv-IBD. IBD- klasik direpresentasikan oleh isolat STC, Cu-1, Variant A, F52-70, dan PBG98. Dua isolat asal Bali dan sebagian besar virus IBD Indonesia lainnya berada dalam sub-kelompok vv-IBD, bersama-sama dengan virus IBD yang dilaporkan sebagai isolat yang sangat virulen. Satu isolat asal Indonesia  yaitu Indo 13  berada dalam sub-kelompok IBD-klasik, dan sangat dekat dengan virus klasik Amerika, STC. Kata-kata kunci : sekuen nukleotida, hipervariabel protein, virus gumboro. ABSTRACT Nucleotide sequence of hypervariable fragment of VP2 of infectious bursal disease virus (IBDV) isolated in Bali and Indonesia were compared to standard virulent (svIBDVs) and very virulent (vvIBDVs) viruses accessed in GeneBank. The comparation were done using the multiple sequence alignment program of Mega 3.1. The sequence were aligned by the ClustalW Method (Mega 3.1), that is grouping the sequences into clusters by examining the distance between all pairs. The sequences were aligned pair wise, then as groups. Phylogenetic tree were constructed using Neighbor-Joining and Bootstrap-tested. The analysis showed that IBDV can be clustered into 2 major groups, i.e. America-Europe and Australia clusters. The America-Europe cluster is further divided into two sub-clusters, i.e. classic IBD and vv-IBD. Classic-IBD is represented by standard STC, Cu-1, Variant A, F52-70, and PBG98 viruses. Two IBDVs isolated in Bali and the most of other Indonesian isolates belong to sub-cluster vv-IBD and share a common cluster with IBDV that were recently reported as very virulent strains. One exceptional isolate is Indo 13, which is groupped into classic IBD, and closely related to classical American standard virus, STC. Keywords : nucleotide sequence, hypervariable fragment, IBDV. Jurnal Veteriner Juni 2008 Vol. 9 No. 2 : 60-64 ISSN : 1411 - 8327