OBSTETRICS Prenatal Array Comparative Genomic Hybridization in Fetuses With Structural Cardiac Anomalies Joanna Lazier, MD, 1 Deborah Fruitman, MD, 2,3 Julie Lauzon, MD, MHSc, 1,2,4 Francois Bernier, MD, 1,2,4 Bob Argiropoulos, PhD, 5 Judy Chernos, PhD, 5 Oana Caluseriu, MD, 6 Rebecca Simrose, MD, 7 Mary Ann Thomas, MD, CM 1,2,4 1 Department of Medical Genetics, University of Calgary, Calgary AB 2 Department of Pediatrics, University of Calgary, Calgary AB 3 Section of Pediatric Cardiology, University of Calgary, Calgary AB 4 Alberta Children’s Hospital Research Institute for Child and Maternal Health, University of Calgary, Calgary AB 5 Cytogenetics Laboratory, Alberta Children’s Hospital, Calgary AB 6 Department of Medical Genetics, University of Alberta, Edmonton AB 7 Department of Obstetrics and Gynecology, University of Calgary, Calgary AB Abstract Objectives: To examine the diagnostic performance of array comparative genomic hybridization (CGH) for fetal cardiac anomalies in two medium-sized Canadian prenatal genetics clinics. Methods: We prospectively recruited 22 pregnant women with fetal structural cardiac anomalies, normal rapid aneuploidy detection, and FISH for 22q11.2 testing for array CGH analysis. Results: One case had an 8p deletion that was also visible on karyotype and included the GATA4 gene, which has been associated with congenital heart disease. Two cases had inherited pathogenic copy number variants (CNVs) of variable expressivity and penetrance: one was a duplication of 16p11.2 and the other a deletion of 15q11.2. One case had the incidental finding of being a carrier of a recessive disease unrelated to the cardiac anomaly. Conclusions: Of these prospectively recruited cases of fetal cardiac anomalies, 14% had a pathogenic result on array CGH. Pathogenic CNVs of variable penetrance and expressivity were a significant proportion of the positive results identified. These CNVs are generally associated with neurodevelopmental issues and may or may not have been associated with the fetus’ underlying congenital heart disease. Array CGH increases the diagnostic yield in this group of patients; however, certain CNVs remain a challenge for counselling in the prenatal setting. Résumé Objectifs : Examiner le rendement diagnostique de l’hybridation génomique comparative (HGC) sur microréseau dans les cas d’anomalies cardiaques fœtales, au sein de deux cliniques de génétique prénatale de taille moyenne établies au Canada. Méthodes : Nous avons procédé, aux fins de la mise en œuvre d’une analyse par HGC sur microréseau, au recrutement prospectif de 22 femmes enceintes qui présentaient des anomalies cardiaques structurelles fœtales, qui avaient obtenu des résultats normaux au dépistage rapide de l’aneuploïdie et qui avaient fait l’objet d’un test de dépistage de la délétion 22q11.2 par hybridation in situ en fluorescence. Résultats : Un cas de délétion 8p, qui était également visible à l’établissement du caryotype, renfermait le gène GATA4, associé aux cardiopathies congénitales. Deux cas avaient hérité de variations pathogènes du nombre de copies (VNC) d’expressivité et de pénétrance variables : le premier consistait en une duplication 16p11.2 et le second en une délétion 15q11.2. Nous avons également constaté, par découverte fortuite, qu’un cas était porteur d’une maladie récessive non liée à une anomalie cardiaque. Conclusions : L’HGC sur microréseau a révélé un résultat pathogénique dans 14 % de ces cas d’anomalies cardiaques fœtales recrutés de façon prospective. Des VNC pathogènes de pénétrance et d’expressivité variables constituaient toutefois une proportion signi ficative des résultats positifs obtenus. Ces VNC sont généralement associées à des troubles neurodéveloppementaux et pourraient avoir été associées ou non à la cardiopathie congénitale sous-jacente du fœtus. L’HGC sur microréseau augmente le rendement diagnostique chez ce groupe de patientes; cependant, certaines VNC continuent de poser un défi dans le cadre du counseling génétique prénatal. ª 2016 Society of Obstetricians and Gynaecologists of Canada. Published by Elsevier Inc. All rights reserved. J Obstet Gynaecol Can 2016;-(-):1-8 INTRODUCTION C ongenital heart disease (CHD), with a prevalence of 9/1000 births, is a significant cause of morbidity and Key words: Array comparative genomic hybridization, congenital heart defects, prenatal diagnosis, genetic counselling Competing interests: None declared. Received on December 3, 2015 Accepted on January 15, 2016 http://dx.doi.org/10.1016/j.jogc.2016.02.010 - JOGC - 2016 l 1