Genetic diversity analysis in blackgram (Vigna mungo (L.) Hepper) using AFLP and transferable microsatellite markers from azuki bean (Vigna angularis (Willd.) Ohwi & Ohashi) S.K. Gupta and T. Gopalakrishna Abstract: Genetic diversity in 20 elite blackgram (Vigna mungo (L.) Hepper) genotypes was studied using microsatellite and AFLP markers. Thirty-six microsatellite markers from azuki bean (Vigna angularis (Willd.) Ohwi & Ohashi) were successfully amplified across the 20 blackgram genotypes and 33 microsatellite markers showed polymorphism. A total of 137 microsatellite alleles were generated with an average of 4.1 alleles per locus. The number of alleles ranged from two to nine and the polymorphic information content value for the microsatellite markers varied from 0.10 to 0.87 with an average of 0.49. Microsatellite markers were highly informative and a combination of only three microsatellite markers (CEDG264, CEDG173, and CEDG044) was sufficient to discriminate all 20 blackgram genotypes. In the case of AFLP, 11 primer pairs generated 324 polymorphic marker fragments. The polymorphic information content values for AFLP pri- mer combinations ranged from 0.21 to 0.34 with an average of 0.29. Similarity measures and clustering analyses were made using microsatellite and AFLP data separately. The resulting dendrograms distributed the 20 blackgram genotypes into five main clusters. The dendrograms were comparable with each other with the Mantel test between the cophenetic matrices of microsatellite data and AFLP data showing moderate correlation (r = 0.64). The results of the principal compo- nents analysis were well congruent with the dendrograms. In the dendrograms as well as in the principal components anal- yses, genotype Trombay wild (Vigna mungo var. silvestris) was placed separately from rest of the genotypes. This study demonstrated that the azuki bean microsatellite markers are highly polymorphic and informative and can be successfully used for genome analysis in blackgram. Results indicate that sufficient variability is present in the blackgram genotypes and would be helpful in the selection of suitable parents for breeding purposes and gene mapping studies. Key words: genetic diversity, blackgram, microsatellite markers, AFLP markers, genotype identification. Re ´sume ´: La diversite ´ ge ´ne ´tique chez 20 ge ´notypes e ´lites du haricot mung a ` grains noirs (Vigna mungo (L.) Hepper) a e ´te ´ e ´tudie ´e a ` l’aide de microsatellites et de marqueurs AFLP. Trente-six marqueurs microsatellites provenant du haricot azuki (Vigna angularis (Wild.) Ohwi & Ohashi) ont amplifie ´ avec succe `s chez les 20 ge ´notypes e ´lites du haricot mung a ` grains noirs et 33 de ceux-ci e ´taient polymorphes. Un ensemble de 137 alle `les microsatellites ont e ´te ´ observe ´s pour une moyenne de 4,1 alle `les par locus. Le nombre d’alle `les variait entre deux et neuf tandis que l’indice de contenu d’information poly- morphique pour ces marqueurs variait entre 0,10 et 0,87 pour une moyenne de 0,49. Les marqueurs microsatellites se sont ave ´re ´s tre `s informatifs et une combinaison de seulement trois marqueurs (CEDG264, CEDG173 et CEDG044) suffisait a ` distinguer les 20 ge ´notypes. Dans le cas des AFLP, 11 paires d’amorces ont ge ´ne ´re ´ 324 fragments polymorphes. Les indi- ces de contenu d’information polymorphique pour les AFLP allaient de 0,21 a ` 0,34 pour une moyenne de 0,29. Des mesu- res de similarite ´ et des analyses de groupement ont e ´te ´ effectue ´es a ` l’aide des donne ´es microsatellites et AFLP se ´pare ´ment. Les dendrogrammes obtenus divisaient les 20 ge ´notypes en cinq groupes principaux. Les dendrogrammes e ´taient semblables sur la base d’un test de Mantel effectue ´ sur les matrices co-phe ´ne ´tiques des donne ´es microsatellites et AFLP, lequel montrait une corre ´lation mode ´re ´e (r = 0,64). Les re ´sultats d’une analyse des composantes principales concor- daient avec les dendrogrammes. Dans les dendrogrammes tout comme dans les analyses des composantes principales, le ge ´notype Trombay wild (V. mungo var. silvestris) formait un groupe distinct des autres ge ´notypes. Cette e ´tude montre que les microsatellites du haricot azuki sont tre `s polymorphes et informatifs de sorte qu’ils sont utiles pour l’analyse du ge ´- nome chez le haricot mung a ` grains noirs. Les re ´sultats indiquent qu’une variabilite ´ suffisante est pre ´sente au sein de ces ge ´notypes et qu’elle serait utile en vue de la se ´lection de parents approprie ´s pour des fins de se ´lection varie ´tale et des e ´tu- des de cartographie ge ´ne ´tique. Received 30 July 2008. Accepted 4 November 2008. Published on the NRC Research Press Web site at genome.nrc.ca on 15 January 2009. Corresponding Editor: R. Danzmann. S.K. Gupta 1 and T. Gopalakrishna. Nuclear Agriculture and Biotechnology Division, Bhabha Atomic Research Centre, Trombay, Mumbai-400 085, India. 1 Corresponding author (e-mail: gupta_sk@hotmail.com). 120 Genome 52: 120–128 (2009) doi:10.1139/G08-107 Published by NRC Research Press