Evaluasi dan Identifikasi Marka Penanda Gen Ketahanan Penyakit Hawar Daun Bakteri pada Padi Lokal Sulawesi Selatan (Evaluation and Identification of Bacterial Leaf Blight Disease Resistance Gene Marker on South Sulawesi Local Rice) Siti Yuriyah 1 *, Siti Nurani 2 , Dwinita W. Utami 1 , dan Tiur S. Silitonga 1 1 Balai Besar Penelitian dan Pengembangan Bioteknologi dan Sumber Daya Genetik Pertanian, Jl. Tentara Pelajar 3A, Bogor 16111 Indonesia Telp. (0251) 8337975; Faks. (0251) 8338820; *E-mail: sitiyur@yahoo.co.id 2 Universitas Sultan Ageng Tirtayasa, Jalan Raya Jakarta Km. 4, Pakupatan, Serang 42118 Indonesia Diajukan: 8 Desember 2015; Direvisi: 22 Februari 2016; Diterima: 29 April 2016 ABSTRACT One of the limiting factors on rice production, especially in South Sulawesi, is the bacterial leaf blight (BLB) disease infection caused by Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). The use of resistant variety is considered as the most effective method to control Xoo. Local cultivar could serve as resistance source for Xoo resistance. The objectives of this research were to evaluate and identify markers for Xoo resistance in rice local cultivars from South Sulawesi based on comparison with the resistance response of the differential varieties and association analysis between resistance phenotype and genotype of molecular markers. Three Xoo races (race III, IV, and VIII) were tested on IRBB differential lines and local cultivars. The genotype analysis was done by using the molecular marker linked to Xoo resistance. Meanwhile, the association analysis was done by combination analysis (U-joint) using generalized linear model (GLM). The resistance test result showed that single gene isogenic lines (IRBB 5, IRBB 7, and IRBB 21), multiple genes isogenic lines (IRBB 50, IRBB 52, IRBB 53, IRBB 54, IRBB 56, IRBB 58, IRBB 64, and IRBB 66), and Ase Andele accession were resistant to the three Xoo races. Association test obtained one significant marker that associated with the resistance to race III (marker Xa26-STS2), four markers significantly associated with the resistance to race IV (Xa1-STS15, Xa4-STS44, xa13-STS51, and Xa21-STS6), and two markers significantly associated with the resistance to race VIII (Xa7-STS57 and RM 20589). Keywords: Resistance gene, bacterial leaf blight, germplasm. ABSTRAK Salah satu faktor pembatas produksi padi, di Sulawesi Selatan khususnya, adalah serangan penyakit hawar daun bakteri (HDB) yang disebabkan oleh Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo). Upaya yang dipandang efektif untuk mengendalikan penyakit HDB adalah penanaman varietas tahan. Perakitan varietas padi dengan menggunakan gen-gen tahan dari berbagai kultivar berpeluang menghasilkan varietas tahan HDB. Kultivar lokal berperan sebagai salah satu sumber keragaman genetik untuk beberapa sifat ketahanan penyakit. Penelitian ini bertujuan mengevaluasi dan mengidentifikasi marka penanda gen ketahanan penyakit hawar daun bakteri pada padi lokal Sulawesi Selatan berdasarkan sistem standar diferensial dan analisis molekuler. Analisis uji ketahanan fenotipe dilakukan menggunakan tiga ras HDB (ras III, IV, dan VIII) dan galur diferensial (galur IRBB). Analisis genotipe dilakukan menggunakan marka molekuler terkait ketahanan terhadap HDB yang ditampilkan sebagai dendrogram keragaman. Analisis asosiasi dilakukan dengan analisis gabungan (U-joint) menggunakan generalized linear model (GLM). Hasil pengujian ketahanan menunjukkan galur isogenik dengan gen tunggal (IRBB 5, IRBB 7, dan IRBB 21), galur isogenik dengan multipel gen (IRBB 50, IRBB 52, IRBB 53, IRBB 54, IRBB 56, IRBB 58, IRBB 64, dan IRBB 66), dan aksesi Ase Andele bersifat tahan terhadap ketiga ras uji. Dari uji asosiasi, diperoleh satu marka signifikan yang berasosiasi dengan ketahanan terhadap ras III (Xa26-STS2), empat marka signifikan berasosiasi dengan ketahanan terhadap ras IV (Xa1- STS15, Xa4-STS44, xa13-STS51, dan Xa21-STS6), dan dua marka signifikan berasosiasi dengan ketahanan terhadap ras VIII (Xa7-STS57 dan RM 20589). Kata kunci: Gen ketahanan, hawar daun bakteri, plasma nutfah. Hak Cipta © 2016, BB Biogen Jurnal AgroBiogen 12(1):11–20