ایرانن زراعی علوم گیاها دورة49 ، شمارة2 ، ابستان ت1397 ص( 59 - 35 ) Iranian Journal of Field Crop Science Vol 49, No 2, Sumer 2018 (47-59) DOI: 10.22059/ijfcs.2017.233380.654321 * Corresponding author E-mail: reza_ataei@ut.ac.ir تجرقامکی اوع ژنتیار و تن زیۀ ساخت اس.ان.پیز نشانگرهایده استفا ا جو با ی رضا عطای 1 * ، نی مجید غلمحسی 2 ون احمدی حسی 3 1 ، 2 و3 ، سه موسحقیقات ت اصلح ویه ته نهال و بذر، سازمانحقیقات، ت آموزش و ترویج کشاورزی، کرج، ایران اریخ دریافت:ت( 25 / 02 / 96 - یخ پذیرش: تار14 / 06 / 96 ) چکیده کی از جو یهم م تر پایۀکیوع ژنتیجود تنه است. و گرفتارم جهان قرقام چهارقتصادی در م است و از نظر اهمیت انوادۀ غلت گیاهان خا ین برنامه ها اس.ان.پیست. نشانگرهایوری ااعی ضربود گیاهان زر است و برای به اصلحی ی به دل زیاد درل فراوانی ی ژنوم از بهترینکی ی رسی این برر جمعیت است. درکی و ساختاوع ژنتیرسی تن برای بر نشانگرها100 ده ازستفا ایزه با رقم جو پای3964 ن.پی بانگر اس.ا نشاMAF بیشتر از10 منۀ شاخص. داابی شدرصد ارزی دPIC در کل جمعیت از19 / 0 تا5 / 0 گین با میان39 / 0 رای اغلبین شاخص ب بود. میزان ا ( نشانگرها3352 بیشتر از) نشانگر25 / 0 گین شاخص بود. میانPIC زوممووی کرو ری مختلف از ها37 / 0 زومموکرو( های شمارۀ2 و5 تا) 42 / 0 زومموکرو( های شمارۀ3 و7 ن شاخصن میزاشتری متغیر بود. بی) مربوط به)ونطلعات شانخص اشاخص نی و شا( کیوع ژنتی های تن زوممو کرو های شمارۀ3 و7 بود. ت عیین ساختار جمعیتشان ن داد، ژنوت یپ ها بر پایۀ نشانگرهای موردستفاده ا در دو زیرگروهار قر م ی گیرند که با مورف ولوژی دو ردیفه یاش ردیفه ش بودن سنبله هماهنگی داشت. و تعیین شاخصانس مولکولی تجزیۀ واریFst در نواحی از ژنوم که باعث رجمعیت شده دو زی تمایزشان د اند، ن مناطق اد این ژنومی با ژن های کنترل کنند ۀ مورفولوژی سنبله هم مکانرجمعیت در زیکیوع ژنتیند. تن هست ( اولرقام ا( عیت دوم کمتر از زیرجم) دوردیفهرقام اش ش ردگین بود. میان) یفه عدموستگی تعادل پی با)نکاژیلی( افزایش فاصلۀکی ژنتی کاهش یافت و درون ز یرگروه ها بیشتر از عدم تعادل موجود در کل جمعیت بود. عدمکی درعادل ژنتی ترقام ات بهش ردیفه نسب شرقام ایفه روند دو رد کاهشی سر یعکیوع ژنتی داد، تنشان پژوهش نیج این. نتاری داشت ت زادی در یرقام اد دارد وجویزه و جو پای م ی توان از آن در برنامه ها اصلحی ی ستفاده کرد. ا واژ ه هایدی کلی: ار جمعیت،کی، ساختوع ژنتی.پی، تن اس.ان عدموستگی، جو. تعادل پی Study of Genetic Diversity and Population Structure in Barley (Hordeum vulgare L.) Based on SNP Markers Reza Ataei 1* , Majid Gholamhoseini 2 and Hossein Ahmadi 3 1 and 2, Assistant Professors, Seed and Plant Improvement Institute, Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. 3,, MSc, Seed and Plant Improvement Institute, Agricultural Research, Education & Extension Organization (AREEO), Karaj, Iran. (Received: May 15, 2017- Accepted: September 5, 2017) ABSTRACT Barley is a major crop and the fourth most important cereal in the world. Genetic diversity is a basic component in breeding programs and is crucial for successful barley improvement. SNPs are a good marker type to study diversity. SNPs represent the most abundant source of genetic variation within the genome and are linked to heritable differences between individuals. In this study we used diverse collection of 100 winter barley (Hordeum vulgare L.) to assess genetic diversity and population structure. Population was genotyped using 3964 SNPs with minor allele frequencies (MAFs) more than 10 percent. PIC was ranged from 0.19 to 0.5 in the whole panel and it was more than 0.25 for 3352 markers. The average of PIC was varied from 0.37 (2H and 5H chromosomes) to 0.42 (3H and 7H chromosomes). The maximum value of genetic diversity indices (Nei’s index and Shannon information index) were on 3H and 7H chromosomes. Strong population structure effect related to ear row number (two-row and six-row) was present in our barley collection. AMOVA analysis and F st index showed that differentiated regions of genome are correspondence with ear row number loci. Genetic diversity in the first subpopulation (two-row cultivars) was less than that in the second subpopulation (six-row cultivars). In the whole genome, average linkage disequilibrium (LD) was observed to decay at 4cM and in sub populations was more than whole panel. LD decay was more rapid in six-row cultivars compared to two-row. These results indicated considerable genetic variation in winter barley collection and could be used in barley improvement programs. Key words: Genetic diversity, Population structure, Linkage disequilibrium, SNP, Barley.