Desain Primer secara in silico untuk Amplifikasi Fragmen Gen rpoB Mycobacterium tuberculosis dengan Polymerase Chain Reaction (PCR) (Pradnyaniti, D.G, Wirajana, I.N, Yowani, S.C) 124 DESAIN PRIMER SECARA IN SILICO UNTUK AMPLIFIKASI FRAGMEN GEN rpoB Mycobacterium tuberculosis DENGAN POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR) Pradnyaniti, D.G 1) , Wirajana, I.N 2) , Yowani, S.C 1) 1) Jurusan Farmasi - Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam - Universitas Udayana 2) Jurusan Kimia - Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam - Universitas Udayana Korespondensi: Desak Gede Pradnyaniti Jurusan Farmasi - Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam - Universitas Udayana Jalan Kampus Unud-Jimbaran, Jimbaran-Bali, Indonesia 80364 Telp/Fax: 0361-703837 Email: ecak_cansa@yahoo.com ABSTRAK Amplifikasi DNA Mycobacterium tuberculosis dari gen rpoB dilakukan dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Amplifikasi DNA dengan PCR diperlukan sepasang primer (forward dan reverse) untuk membatasi daerah yang ingin diamplifikasi. Penelitian ini bertujuan untuk mendesain sepasang primer agar dapat mengamplifikasi fragmen 0,5 kb gen rpoB M.tuberculosis. Desain primer dilakukan secara in silico dengan bantuan program clone manager suite 6 (University of Groningen). Template yang digunakan dalam mendesain primer adalah sekuen gen rpoB M. tuberculosis H37RV wild type, yang diperoleh dari database NCBI dengan kode genbank U12205.1. Penelitian ini telah berhasil memperoleh sekuen sepasang primer (forward dan reverse) dengan panjang masing-masing adalah 22 oligonukleotida. Primer ini dapat mengamplifikasi secara in silico fragmen 0,5 kb gen rpoB M. tuberculosis pada rentang daerah 990-1496 pb dengan panjang fragmen sebesar 507 pb. Kata kunci: desain primer, PCR, gen rpoB Mycobacterium tuberculosis 1. PENDAHULUAN Desain primer dilakukan untuk memperoleh primer yang dapat digunakan dalam amplifikasi DNA dengan metode polymerase chain reaction (PCR). Keberhasilan amplifikasi DNA tergantung dari ketepatan primer yang digunakan (Diss, 2003). Primer yang digunakan dalam proses PCR harus dapat membatasi daerah yang akan diamplifikasi. Primer berfungsi sebagai pembatas fragmen DNA target yang akan diamplifikasi (Handoyo dan Rudiretna, 2001). Amplifikasi DNA dengan metode PCR terdiri dari tiga tahap. Tahap awal dari proses amplifikasi yaitu denaturasi untai DNA, selanjutnya dilakukan penempelan primer pada fragmen DNA target (annealing) dan tahap akhir merupakan proses extension yaitu proses pemanjangan sekuen DNA (Sulistyaningsih, 2007). Perancangan untuk memperoleh suatu primer yang memenuhi kriteria primer yang baik untuk amplifikasi dilakukan secara in silico, yaitu merancang/mendesain primer dengan bantuan suatu program dalam komputer. Penelitian ini dilakukan desain primer dengan sekuen gen rpoB M. tuberculosis. Gen rpoB (DNA-dependent RNA polymerase sub unit β) merupakan salah satu gen pada Mycobacterium tuberculosis yang berperan dalam sebagian besar resistensi terhadap Rifampisin (Syaifudin dkk., 2007). Rifampisin merupakan obat lini pertama yang umum digunakan dalam pengobatan tuberkulosis (TB). Lima negara yang memiliki insiden TB yang tinggi pada tahun 2010 adalah