Keragaman Genetik Ikan Uceng ( Nemacheilus) di Sungai Wilayah Banyumas Berdasar Sekuen Gen Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) ABSTRAK Ikan uceng (Nemacheilus) merupakan ikan endemik yang hidup di perairan sungai wilayah Banyumas. Penangkapan berlebih serta perubahan kualitas lingkungan menyebabkan penurunan populasinya di alam. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifkasi spesies Nemacheilus yang hidup di perairan sungai Banyumas serta melihat keragaman genetiknya. Cytochrome oxidase subunit I (COI) digunakan sebagai marka molekuler, dimana telah terbukti sebagai penanda (barcode) yang universal dan stabil. Ada bagian dari COI yang bersifat variabel sehingga bagus apabila digunakan melihat keragaman genetik. Hasil BLAST menyatakan bahwa sampel keempat stasiun memiliki nilai per indent 99,54-100% dengan spesies Neimacheilus chrysolaimos. Nilai keragaman haplotype (Hd) 0,679, dan nilai keragaman nukleotida 0,00117. Berdasarkan hal tersebut, keragaman haplotype ikan uceng dikategorikan pada tingkat sedang, sedangkan keragaman nukleotida pada tingkat rendah. Kata kunci: Nemacheilus; COI; keragaman genetik ABSTRACT Stone loaches (Nemacheilus) are one of the endemic fsh in the river of the Banyumas Area. Overfshing and changing the quality of the environment lead to population decline. Tis study aims to identify Nemacheilus species that lived in the river of the Banyumas area and fnd out genetic diversity. Cytochrome oxidase subunit I (COI) was used as a molecular marker since it was proven to be stable and good as a universal barcode to study genetic diversity. Based on BLAST, samples had 99.54-100% per indent with Nemacheilus chrysolaimos. On the other hand, calculation on haplotype diversity (Hd) and nucleotide diversity showed 0.079 and 0.00117 respectively. Based on that reference, haplotype diversity (Hd) of stone loaches were categorized as medium, while nucleotide diversity categorized as low. Keywords: Neimacheilus; COI; genetic diversity PENDAHULUAN Ikan uceng (Nemacheilus), hidup di perairan tawar, sungai jernih dengan dasar berbatu. Persebaran Nemacheilus di Indonesia meliputi pulau Sumatra, Jawa (Fishbase, 2017) Kalimantan ( Kottelat, 1993). Di Jawa tengah Nemacheilus banyak ditemuai di Temaggung, Yogyakarta dan Banyumas. Sungai Pelus, Sungai Mengaji, Sungai Banjaran, Sungai Kranji merupakan beberapa sungai di wilayah Banyumas yang menjadi habitat ikan Nemacheilus . Keempat sungai tersebut memiliki kontur landai dengan dasar berbatu sehingga cocok sebagai habitat ikan uceng. Oleh masyarakat sekitar, ikan ini biasa ditangkap untuk dijadikan bahan makanan maupun untuk komoditi ikan hias. Penangkapan yang tinggi menyebabkan penurunan populasi, sehingga perlu adanya upaya pelestarian untuk menjaga keberlangsungan hidup Nemacheilus dan memenuhi aspek ekonominya. Informasi mengenai jenis spesies Nemacheilus di perairan sungai Banyumas belum diketahui, dan antar spesies memiliki ciri morfologi yang mirip, sehingga identifkasi dengan metode DNA Barcoding dinilai memiliki akurasi yang tinggi dan lebih efektif. Selain identi fkasi, data keragaman genetik diperlukan sebagai langkah awal upaya pelestarian populasinya di alam. Keragaman genetik dapat digunakan untuk menduga ukuran serta kemampuan populasi dalam beradaptasi. Semakin tinggi keragaman genetiknya maka ukuran populasi semakin besar, dan kemampuan adaptasi spesies dalam populasi tersebut semakin baik suatu populasi dengan genetik yang lebih beragam, lebih tahan terhadap gangguan seperti kondisi lingkungan ekstrim ( Ketchum et al ., 2016). Pada upaya konservasi dan selektive breeding, induk potensial adalah yang memiliki keragaman genetik tinggi (Ukenye et al., 2019). Salah satu marka molekuler yang sering digunakan untuk identifkasi spesies dan melihat nilai keragaman genetik adalah gen Cytochrome oxidase subunit I (COI). COI yang merupakan mtDNA adalah gen penyandi protein dan memiliki peran dalam respirasi sel. COI dianggap memenuhi persyaratan untuk digunakan dalam menentukan identitas spesies pada hampir semua binatang tingkat tinggi. (Hubert et al ., 2003) menyatakan bahwa fragmen COI pada intraspesi fk memiliki diversitas tidak lebih dari 2%, sedangkan diversitas akan meningkat dengan jauhnya genus maupun flum antar spesies. Berdasar pada hal tersebut COI digunakan sebagai marker untuk studi flogenetika serta identifkasi spesies, keunggulan lainnya adalah tidak adanya intron serta jumlah salinan yang tinggi (100-10000 salinan gen). Identifkasi spesies menggunakan COI banyak dilakukan Genetic Diversity of Stone loaches (Nemacheilus) in River of Banyumas Area based on Cytochrome Oxidase Subunit I (COI) Rima Oktavia Kusuma*, Muhammad Sulaiman Dadiono, Baruna Kusuma & Hamdan Syakuri Program Studi Akualkultur, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan, Universitas Jendral Soedirman, Purwokerto, Jawa Tengah, Indonesia *Penulis korespondensi, email: rimaoktavia@unsoed.ac.id Tanggal Submisi: 09 November 2020; Tanggal Revisi: 16 June 2021; Tanggal Penerimaan: 07 September 2021 ISSN: 2502-5066 (Online) ISSN: 0853-6384 (Print) JURNAL PERIKANAN UNIVERSITAS GADJAH MADA Terakreditasi Ristekdikti No: 158/E/KPT/2021 ©2021 Jurnal Universitas Gadjah Mada. This article is distributed under a Creative Commons Attribution-Share Alike 4.0 International license. Vol. 23 (2), 89-94 DOI 10.22146/jfs.61167